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万見
- PDB-2fds: Crystal Structure of Plasmodium Berghei Orotidine 5'-monophosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fds
タイトルCrystal Structure of Plasmodium Berghei Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase (ortholog of Plasmodium falciparum PF10_0225)
要素orotidine-monophosphate-decarboxylase
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / TIM barrel / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / IODIDE ION / :
機能・相同性情報
生物種Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Qiu, W. / Dong, A. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Lew, J. / Kozieradski, I. / Alam, Z. / Melone, M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. ...Qiu, W. / Dong, A. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Lew, J. / Kozieradski, I. / Alam, Z. / Melone, M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Hui, R. / Gao, M. / Bochkarev, A. / Artz, J.D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007
タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms.
著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R.
履歴
登録2005年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: orotidine-monophosphate-decarboxylase
B: orotidine-monophosphate-decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2994
ポリマ－82,0452
非ポリマー2542
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.202, 108.623, 69.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 orotidine-monophosphate-decarboxylase


分子量: 41022.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4Z4C3
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% Peg3350, 140mM diammonium hydrogen citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月31日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2x-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 65456 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.849
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.72-1.781.90.38246371.03767
1.78-1.852.30.28663011.15491
1.85-1.943.10.22868231.3798.8
1.94-2.043.10.15468181.42899.3
2.04-2.173.10.10568861.59199.6
2.17-2.332.90.08166781.71495.9
2.33-2.573.20.06268631.82699.4
2.57-2.943.20.04969132.02899.6
2.94-3.713.20.03665652.29194.2
3.71-503.20.03269723.04399.3

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å35.09 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 2AQW

2aqw


解像度: 1.72→29.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.398 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3308 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.188 ---
obs-65422 94.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.168 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→29.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5438 0 2 328 5768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.9517475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7155671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.67425.864295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.629151050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9321516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.22879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23980
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0920.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.27623325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.03435371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37422426
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.02832104
LS精密化 シェル解像度: 1.719→1.764 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.558 148 -
Rwork0.409 2978 -
obs-3126 61.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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