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- PDB-2by4: SR Ca(2+)-ATPase in the HnE2 state complexed with the thapsigargi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2by4
タイトルSR Ca(2+)-ATPase in the HnE2 state complexed with the thapsigargin derivative Boc-12ADT.
要素SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
キーワードHYDROLASE / SERCA / P-TYPE ATPASE / CA2+-ATPASE / THAPSIGARGIN / PROSTATE CANCER / ATP-BINDING / CALCIUM / CALCIUM TRANSPORT / ENDOPLASMIC RETICULUM / ION TRANSPORT / MAGNESIUM / METAL-BINDING / MULTIGENE FAMILY / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHORYLATION / SARCOPLASMIC RETICULUM / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Chem-AD4 / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jensen, A.L. / Moller, J.V. / Soehoel, H. / Denmeade, S.R. / Isaacs, J.T. / Olsen, C.E. / Christensen, S.B. / Nissen, P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Natural Products as Starting Materials for Development of Second-Generation Serca Inhibitors Targeted Towards Prostate Cancer Cells
著者: Soehoel, H. / Jensen, A.L. / Moller, J.V. / Nissen, P. / Denmeade, S.R. / Isaacs, J.T. / Olsen, C.E. / Christensen, S.B.
履歴
登録2005年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0576
ポリマ－109,6031
非ポリマー1,4555
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.739, 71.739, 593.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 / SERCA1A / CALCIUM PUMP 1 / SERCA1 / SR CA(2+)-ATPASE 1 / CALCIUM-TRANSPORTING ATPASE SARCOPLASMIC ...SERCA1A / CALCIUM PUMP 1 / SERCA1 / SR CA(2+)-ATPASE 1 / CALCIUM-TRANSPORTING ATPASE SARCOPLASMIC RETICULUM TYPE FAST TWITCH SKELETAL MUSCLE ISOFORM / ENDOPLASMIC RETICULUM CLASS 1/2 CA(2+) ATPASE


分子量: 109602.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: E2 STATE STABILIZED BY THE THAPSIGARGIN DERIVATIVE BOC-12ADT
由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 器官: SKELETAL MUSCLE / 組織: FAST TWITCH SKELETAL MUSCLE / 参照: UniProt: P04191, Ca2+-transporting ATPase
#2: 化合物 ChemComp-AD4 / (3S,3AR,4S,6S,6AR,7S,8S,9BS)-6-(ACETYLOXY)-3,3A-DIHYDROXY-3,6,9-TRIMETHYL-8-{[(2Z)-2-METHYLBUT-2-ENOYL]OXY}-7-(OCTANOYLOXY)-2-OXO-2,3,3A,4,5,6,6A,7,8,9B-DECAHYDROAZULENO[4,5-B]FURAN-4-YL 12-[(TERT-BUTOXYCARBONYL)AMINO]DODECANOATE / ((((3'-DEOXY-3'-THYMIDINYL)-AMINO)CARBONYL)METHYL)


分子量: 878.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H75NO14
#3: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
構成要素の詳細PROTEIN INVOLVED IN HYDROLYSIS OF ATP RESULTING IN TRANSPORT OF CALCIUM FROM THE CYTOSOL TO THE ...PROTEIN INVOLVED IN HYDROLYSIS OF ATP RESULTING IN TRANSPORT OF CALCIUM FROM THE CYTOSOL TO THE SARCOPLASMIC RETICULUM LUMEN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: DATA COLLECTION WAS HAMPERED BY A 594 A CELL AXIS.
結晶化pH: 6.8
詳細: 6 MG/ML SERCA IN 6% PEG2000 MME, 100MM MGSO4, 3% MPD, 40 MM KCL, 50 MM MOPS PH 6.8, 10% GLYCEROL, 0.5 MM AMPPCP, 1 MM EGTA, 62.5 MICROM BOC-12ADT.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.7
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→15 Å / Num. obs: 20425 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.43 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 62.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IWO

1iwo


解像度: 3.3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 2057599.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 610 3 %RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.254 20134 81.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.2269 Å2 / ksol: 0.24817 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 80.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.45 Å20 Å20 Å2
2--4.45 Å20 Å2
3----8.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.71 Å0.53 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.71 Å0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7671 0 96 0 7767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.242.5
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 74 2.9 %
Rwork0.37 2493 -
obs--64.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2LIGANDS_ADT3.PARAMLIGANDS_ADT3.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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