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- PDB-2agv: Crystal structure of the SR CA2+-ATPASE with BHQ and TG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2agv
タイトルCrystal structure of the SR CA2+-ATPASE with BHQ and TG
要素Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / membrane protein / P-type ATPASE / HAD fold / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5-DITERT-BUTYLBENZENE-1,4-DIOL / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-TG1 / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Toyoshima, C. / Obara, K. / Norimatsu, Y.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Inaugural Article: Structural role of countertransport revealed in Ca2+ pump crystal structure in the absence of Ca2+.
著者: Obara, K. / Miyashita, N. / Xu, C. / Toyoshima, I. / Sugita, Y. / Inesi, G. / Toyoshima, C.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the calcium pump of sarcoplasmic reticulum at 2.6 A resolution
著者: Toyoshima, C. / Nakasako, M. / Nomura, H. / Ogawa, H.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structural changes in the calcium pump accompanying the dissociation of calcium
著者: Toyoshima, C. / Nomura, H.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the calcium pump with a bound ATP analogue
著者: Toyoshima, C. / Mizutani, T.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Lumenal gating mechanism revealed in calcium pump crystal structures with phosphate analogues
著者: Toyoshima, C. / Nomura, H. / Tsuda, T.
履歴
登録2005年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
B: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,40214
ポリマ－219,2052
非ポリマー6,19612
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.385, 71.385, 591.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-1, 8.0E-6, 1.5E-5), (-8.0E-6, 1, 1.6E-5), (-1.5E-5, 1.6E-5, -1)35.68375, -35.69942, -0.49355

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 / Calcium pump 1 / SERCA1 / SR Ca2+ / -ATPase 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum ...Calcium pump 1 / SERCA1 / SR Ca2+ / -ATPase 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / fast twitch skeletal muscle isoform / Endoplasmic reticulum class 1/2 Ca2+ / ATPase


分子量: 109602.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: SKELETAL MUSCLE (WHITE) / 参照: UniProt: P04191, Ca2+-transporting ATPase

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非ポリマー , 5種, 260分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-TG1 / OCTANOIC ACID [3S-[3ALPHA, 3ABETA, 4ALPHA, 6BETA, 6ABETA, 7BETA, 8ALPHA(Z), 9BALPHA]]-6-(ACETYLOXY)-2,3,-3A,4,5,6,6A,7,8,9B-DECAHYDRO-3,3A-DIHYDROXY-3,6,9-TRIMETHYL-8-[(2-METHYL-1-OXO-2-BUTENYL)OX Y]-2-OXO-4-(1-OXOBUTOXY)-AZULENO[4,5-B]FURAN-7-YL ESTER / THAPSIGARGIN / タプシガルギン


分子量: 650.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H50O12 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-BHQ / 2,5-DITERT-BUTYLBENZENE-1,4-DIOL / 2,5-DI-(TERT-BUTYL)-1,4,BENZOHYDROQUINONE / 2,5-ジ-tert-ブチルヒドロキノン


分子量: 222.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22O2
#5: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE C-TERMINAL RESIDUES IN SWS ENTRY P04191 ARE FROM 994 TO 1001, DPEDERRK. IN ISOFORM SERCA1A, ...THE C-TERMINAL RESIDUES IN SWS ENTRY P04191 ARE FROM 994 TO 1001, DPEDERRK. IN ISOFORM SERCA1A, THERE IS ONLY ONE C-TERMINAL RESIDUE 994 G.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.468 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.9 %
結晶化温度: 283 K / 手法: microdialysis / pH: 6.1 / 詳細: PEG400, pH 6.10, MICRODIALYSIS, temperature 283K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.75 Å
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS V1IMAGE PLATE2004年6月14日
ADSC Q-3152CCD2004年11月8日
放射モノクロメーター: ROTATED-INCLINED DOUBLE- CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.75 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 114354 / Num. obs: 114125 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3 CYTOPLASMIC DOMAINS OF CA2+-ATPASE IN 1IWO

1iwo


解像度: 2.4→14.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3405795.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 5738 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
all0.24 114041 --
obs0.239 113813 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.3843 Å2 / ksol: 0.31951 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.89 Å20 Å20 Å2
2--1.89 Å20 Å2
3----3.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15342 0 240 248 15830
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.152.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.582.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.733
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 982 5.2 %
Rwork0.326 17925 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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