[日本語] English
万見
- PDB-5k59: Crystal structure of LukGH from Staphylococcus aureus in complex ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k59
タイトルCrystal structure of LukGH from Staphylococcus aureus in complex with a neutralising antibody
要素
  • (Uncharacterized leukocidin-like protein ...) x 2
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / toxin neutralizing monoclonal antibody / conformational epitope / X-ray crystal structure
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Uncharacterized leukocidin-like protein 2 / Uncharacterized leukocidin-like protein 1 / Uncharacterized leukocidin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Welin, M. / Logan, D.T. / Badarau, A. / Mirkina, I. / Zauner, G. / Dolezilkova, I. / Nagy, E.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: Context matters: The importance of dimerization-induced conformation of the LukGH leukocidin of Staphylococcus aureus for the generation of neutralizing antibodies.
著者: Badarau, A. / Rouha, H. / Malafa, S. / Battles, M.B. / Walker, L. / Nielson, N. / Dolezilkova, I. / Teubenbacher, A. / Banerjee, S. / Maierhofer, B. / Weber, S. / Stulik, L. / Logan, D.T. / ...著者: Badarau, A. / Rouha, H. / Malafa, S. / Battles, M.B. / Walker, L. / Nielson, N. / Dolezilkova, I. / Teubenbacher, A. / Banerjee, S. / Maierhofer, B. / Weber, S. / Stulik, L. / Logan, D.T. / Welin, M. / Mirkina, I. / Pleban, C. / Zauner, G. / Gross, K. / Jagerhofer, M. / Magyarics, Z. / Nagy, E.
履歴
登録2016年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Structure summary
改定 1.22016年10月12日Group: Database references
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Uncharacterized leukocidin-like protein 2
B: Uncharacterized leukocidin-like protein 1
C: Uncharacterized leukocidin-like protein 2
A: Uncharacterized leukocidin-like protein 1
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
E: Fab heavy chain
F: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,27211
ポリマ－240,9478
非ポリマー3253
水724
1
D: Uncharacterized leukocidin-like protein 2
B: Uncharacterized leukocidin-like protein 1
E: Fab heavy chain
F: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,5095
ポリマ－120,4744
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Uncharacterized leukocidin-like protein 2
A: Uncharacterized leukocidin-like protein 1
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,7636
ポリマ－120,4744
非ポリマー2892
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.790, 160.932, 119.484
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21C
12B
22A
13H
23E
14L
24F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLYSLYSDA43 - 32238 - 317
21ASNASNLYSLYSCC43 - 32238 - 317
12GLUGLUASPASPBB11 - 30513 - 307
22GLUGLUASPASPAD11 - 30513 - 307
13GLUGLULYSLYSHE1 - 2141 - 215
23GLUGLULYSLYSEG1 - 2141 - 215
14ASPASPGLYGLYLF1 - 2121 - 212
24ASPASPGLYGLYFH1 - 2121 - 212

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
Uncharacterized leukocidin-like protein ... , 2種, 4分子 DCBA

#1: タンパク質 Uncharacterized leukocidin-like protein 2


分子量: 37143.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain USA300) (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / 遺伝子: SAUSA300_1975 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FFA2, UniProt: Q2FWP0*PLUS
#2: タンパク質 Uncharacterized leukocidin-like protein 1


分子量: 35825.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain USA300) (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / 遺伝子: SAUSA300_1974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FFA3

-
抗体 , 2種, 4分子 HELF

#3: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24166.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO3E7
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 Fab light chain


分子量: 23338.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO3E7
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 7分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2
詳細: Drop contained 200 nl Fab-LukGH at 1:1 ratio + 50 nl seed stock + 150 nl reservoir solution [0.3 M NaCl, 26% polyethylene glycol (PEG) 8000, 0.1 M phosphate citrate pH 4.2]. The seed solution ...詳細: Drop contained 200 nl Fab-LukGH at 1:1 ratio + 50 nl seed stock + 150 nl reservoir solution [0.3 M NaCl, 26% polyethylene glycol (PEG) 8000, 0.1 M phosphate citrate pH 4.2]. The seed solution was obtained from 40 % PEG 300, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 0.3 M NaCl, 20 mM HEPES pH 7.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月1日 / 詳細: focusing mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→48.8 Å / Num. obs: 64655 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.84→2.91 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.883 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.84→48.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.35 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23727 3277 5.1 %RANDOM
Rwork0.19681 ---
obs0.19888 61207 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 73.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.84 Å20 Å22.68 Å2
2---5.01 Å20 Å2
3---1.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.84→48.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15744 0 16 4 15764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0216132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0214844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.93921847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.843334335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.82951968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00624.94751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.678152767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0181562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1974.0147914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1974.0147913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6076.0149868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6076.0159869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4464.1398218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4454.1398218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0356.11711980
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.93930.7917263
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.93930.79217264
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11D179770.02
12C179770.02
21B176690.04
22A176690.04
31H116210.04
32E116210.04
41L121680.02
42F121680.02
LS精密化 シェル解像度: 2.844→2.918 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 197 -
Rwork0.334 4154 -
obs--91.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80.6024-0.92174.1999-0.31382.1927-0.0673-0.2135-0.02060.4837-0.0046-0.0854-0.13780.34460.0720.29220.0242-0.06880.08290.02980.2565-33.2649-2.0157187.1258
20.63471.054-0.64013.3198-1.49151.4045-0.29370.161-0.1266-0.48710.0531-0.33350.1416-0.00180.24060.3009-0.09080.01230.0867-0.00390.2742-29.7363-0.0626161.9728
30.5791-0.46010.59154.3959-0.45261.5687-0.21190.13790.098-0.51930.249-0.19630.11230.2857-0.0370.4132-0.0786-0.01030.20020.03320.3107-47.740542.136847.101
40.7028-0.6420.75942.859-1.62471.2639-0.2233-0.11010.120.38380.0874-0.1462-0.2056-0.05620.13590.34690.128-0.03360.0717-0.01320.2301-43.739939.890472.224
50.90710.0078-0.33480.1698-0.68132.86970.0904-0.03880.18720.0924-0.1113-0.0201-0.27680.54810.02090.50050.0352-0.14620.1325-0.06920.2909-18.87856.0024114.6376
60.6410.3145-0.17960.25150.12253.55280.00850.001-0.01860.11780.04610.07380.59930.39-0.05460.54890.1847-0.11670.0786-0.03610.1849-21.8967-12.3934116.596
71.2668-0.1744-0.64511.7955-0.21981.73340.1035-0.086-0.4716-0.9852-0.3497-0.34550.26160.30670.24621.13480.09020.14840.13370.08640.354-6.528434.0274119.1957
81.0868-0.3019-0.41312.7587-0.20481.26190.11280.0382-0.047-0.9924-0.3168-0.4840.02940.19490.2040.9739-0.08240.11960.12210.09760.1639-8.295652.7495117.5686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D43 - 323
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 305
3X-RAY DIFFRACTION3C42 - 323
4X-RAY DIFFRACTION4A11 - 305
5X-RAY DIFFRACTION5H1 - 218
6X-RAY DIFFRACTION6L1 - 212
7X-RAY DIFFRACTION7E1 - 215
8X-RAY DIFFRACTION8F1 - 212

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る