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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tlj | |||||||||
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タイトル | COMPLEX BETWEEN HUMAN CD27 AND FAB FRAGMENTS OF ANTIBODIES M2177 AND M2191 | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() adaptive immune memory response involving T cells and B cells / CD27 signaling pathway / TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of T cell apoptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / immunoglobulin mediated immune response / extrinsic apoptotic signaling pathway / T cell activation ...adaptive immune memory response involving T cells and B cells / CD27 signaling pathway / TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of T cell apoptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / immunoglobulin mediated immune response / extrinsic apoptotic signaling pathway / T cell activation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane signaling receptor activity / response to ethanol / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Gilliland, G.L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Epitope-dependent mechanisms of CD27 neutralization revealed by X-ray crystallography. 著者: Obmolova, G. / Teplyakov, A. / Malia, T.J. / Wunderler, N. / Kwok, D. / Barone, L. / Sweet, R. / Ort, T. / Scully, M. / Gilliland, G.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 348.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 279.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 821.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 846.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 60.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 82.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | THE DEPOSITORS STATE THAT THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO TERNARY COMPLEXES COMPOSED OF CD27 AND TWO FABS. ONE TERNARY COMPLEX INCLUDES FAB M2177 (CHAINS A AND B), FAB M2191 (CHAINS C AND D), AND CD27 (CHAIN X). THE SECOND TERNARY COMPLEX INCLUDES FAB M2177 (CHAINS E AND F), FAB M2191 (CHAINS G AND H), BUT NO CD27, WHICH IS NOT DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY. |
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要素
-抗体 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: 抗体 | 分子量: 23712.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: ![]() #2: 抗体 | 分子量: 24444.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: ![]() #3: 抗体 | 分子量: 23825.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: ![]() #4: 抗体 | 分子量: 24371.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: ![]() |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 X
#5: タンパク質 | 分子量: 12287.896 Da / 分子数: 1 / Fragment: Extracellular domain residues 21-121 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-詳細
構成要素の詳細 | THE DEPOSITORS STATE THAT THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO TERNARY COMPLEXES ...THE DEPOSITORS |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS PH 8.5, 24% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM CHLORIDE PH範囲: 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月30日 / 詳細: VARIMAX HF |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 25023 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 85.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5TL5 解像度: 3.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.836 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.727 / SU B: 62.932 / SU ML: 0.964 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.973
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
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拘束条件 |
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