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- PDB-6iw5: Crystal structure of YFV-China sE in prefusion state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iw5
タイトルCrystal structure of YFV-China sE in prefusion state
要素Envelope protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Yellow fever virus / Neutralizing monoclonal antibody / Envelope protein / Flavivirus
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily ...Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lu, X.S. / Xiao, H.X. / Li, S.H. / Pang, X.F.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Double Lock of a Human Neutralizing and Protective Monoclonal Antibody Targeting the Yellow Fever Virus Envelope.
著者: Lu, X. / Xiao, H. / Li, S. / Pang, X. / Song, J. / Liu, S. / Cheng, H. / Li, Y. / Wang, X. / Huang, C. / Guo, T. / Ter Meulen, J. / Daffis, S. / Yan, J. / Dai, L. / Rao, Z. / Klenk, H.D. / ...著者: Lu, X. / Xiao, H. / Li, S. / Pang, X. / Song, J. / Liu, S. / Cheng, H. / Li, Y. / Wang, X. / Huang, C. / Guo, T. / Ter Meulen, J. / Daffis, S. / Yan, J. / Dai, L. / Rao, Z. / Klenk, H.D. / Qi, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2018年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein
B: Envelope protein
C: Envelope protein
D: Envelope protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,1054
ポリマ－171,1054
非ポリマー00
水2,756153
1
A: Envelope protein

B: Envelope protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5532
ポリマ－85,5532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y+1/2,-z+21
Buried area2220 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area36370 Å2
手法PISA
2
C: Envelope protein

D: Envelope protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5532
ポリマ－85,5532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y+1/2,-z+21
Buried area2110 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area36990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.785, 121.362, 101.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Envelope protein


分子量: 42776.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
遺伝子: E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89292
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 55335 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.5→50 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.5→46.78 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2916 2202 5.03 %
Rwork0.2365 --
obs0.2393 43780 78.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11980 0 0 153 12133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31316580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7374404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541880
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052140
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4919-2.54610.4076530.3381801X-RAY DIFFRACTION25
2.5461-2.60530.4295670.31281226X-RAY DIFFRACTION37
2.6053-2.67050.3625820.32541634X-RAY DIFFRACTION50
2.6705-2.74270.3596900.32531905X-RAY DIFFRACTION58
2.7427-2.82340.3644990.31642171X-RAY DIFFRACTION65
2.8234-2.91450.35131370.30152300X-RAY DIFFRACTION71
2.9145-3.01860.39881510.29952537X-RAY DIFFRACTION77
3.0186-3.13950.33021710.29462773X-RAY DIFFRACTION85
3.1395-3.28230.34641500.28123109X-RAY DIFFRACTION93
3.2823-3.45530.28861870.2633239X-RAY DIFFRACTION99
3.4553-3.67170.34291660.24413293X-RAY DIFFRACTION100
3.6717-3.95510.30431500.23013304X-RAY DIFFRACTION100
3.9551-4.35280.26121970.20243280X-RAY DIFFRACTION100
4.3528-4.98210.19431570.18513313X-RAY DIFFRACTION100
4.9821-6.27450.28771530.20473356X-RAY DIFFRACTION100
6.2745-46.78860.23021920.19043337X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08460.07160.03710.19560.05320.06050.02890.0044-0.02350.11560.0177-0.06230.07070.04630.03280.0580.0081-0.03470.1014-0.03420.12837.401924.2163104.6713
2-0.0026-0.0399-0.00920.1198-0.02170.02220.02340.0453-0.0133-0.1648-0.02280.03960.00160.0054-0.01150.08540.0562-0.06560.08950.0346-0.0206-2.55911.581764.566
30.01780.089-0.09160.1302-0.00030.1908-0.10180.1998-0.1873-0.2967-0.057-0.3750.16510.0381-0.31520.0362-0.03990.2171-0.0216-0.08090.064319.87653.024660.5503
40.02740.0065-0.03870.07520.03410.045-0.0634-0.0048-0.08590.0957-0.0189-0.0436-0.1238-0.027-0.09090.16110.0441-0.06740.14670.04780.116-24.817429.5247104.1105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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