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- PDB-2bto: Structure of BtubA from Prosthecobacter dejongeii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bto
タイトルStructure of BtubA from Prosthecobacter dejongeii
要素
  • THIOREDOXIN 1
  • TUBULIN BTUBA
キーワードCYTOSKELETAL PROTEIN / BACTERIAL TUBULIN / POLYMERIZATION / CYTOSKELETON / PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / microtubule-based process / cell redox homeostasis / structural constituent of cytoskeleton / microtubule / oxidoreductase activity / hydrolase activity / GTP binding ...positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / microtubule-based process / cell redox homeostasis / structural constituent of cytoskeleton / microtubule / oxidoreductase activity / hydrolase activity / GTP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Thioredoxin domain profile. ...Thioredoxin / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Thioredoxin domain profile. / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Thioredoxin domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Helix Hairpins / Thioredoxin-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Thioredoxin 1 / Thioredoxin 1 / Tubulin
類似検索 - 構成要素
生物種PROSTHECOBACTER DEJONGEII (バクテリア)
ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schlieper, D. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of Bacterial Tubulin Btuba/B: Evidence for Horizontal Gene Transfer.
著者: Schlieper, D. / Oliva, M.A. / Andreu, J.M. / Lowe, J.
履歴
登録2005年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUBULIN BTUBA
B: TUBULIN BTUBA
T: THIOREDOXIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,3325
ポリマ－114,2863
非ポリマー1,0462
水3,891216
1
A: TUBULIN BTUBA
B: TUBULIN BTUBA
T: THIOREDOXIN 1
ヘテロ分子

A: TUBULIN BTUBA
B: TUBULIN BTUBA
T: THIOREDOXIN 1
ヘテロ分子

A: TUBULIN BTUBA
B: TUBULIN BTUBA
T: THIOREDOXIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,99715
ポリマ－342,8589
非ポリマー3,1396
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)180.539, 180.539, 84.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 3 - 432 / Label seq-ID: 3 - 432

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 TUBULIN BTUBA


分子量: 51299.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PROSTHECOBACTER DEJONGEII (バクテリア)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM 12251) / プラスミド: PET32(APDA10) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8GCC5
#2: タンパク質 THIOREDOXIN 1 / TRX1 / TRX


分子量: 11687.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00274, UniProt: P0AA25*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AS A THIOREDOXIN-BTUBA-HIS6 FUSION PROTEIN. THE SEQUENCE OF THIS ...THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AS A THIOREDOXIN-BTUBA-HIS6 FUSION PROTEIN. THE SEQUENCE OF THIS FUSION PROTEIN IS SDKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVA KLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANLAGSGS GHKVNNTIVVSIGQAGNQIAASFWKTVCLEHGIDPLTGQTAPGVAPRGNWSSFFSK LGESSSGSYVPRAIMVDLEPSVIDNVKATSGSLFNPANLISRTEGAGGNFAVGYLG AGREVLPEVMSRLDYEIDKCDNVGGIIVLHAIGGGTGSGFGALLIESLKEKYGEIP VLSCAVLPSPQVSSVVTEPYNTVFALNTLRRSADACLIFDNEALFDLAHRKWNIES PTVDDLNLLITEALAGITASMRFSGFLTVEISLRELLTNLVPQPSLHFLMCAFAPLA TPPDRSKFEELGIEEMIKSLFDNGSVFACSPMEGRFLSTAVLYRGIMEDKPLADAAL AAMREKLPLTYWIPTAFKIGYVEQPGISHRKSMVLLANNTEIARVLDRICHNFDKLW QRKAFANWYLNEGMSEEQINVLRASAQELVQSYQVAEESGAKAKVQDSAGDTGMRAA AAGVSDDARGSMSLRDLVDRRRLEHHHHHH

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.37 %
結晶化詳細: 1.6M NA K PHOSPHATE, PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→31.6 Å / Num. obs: 54524 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 16.873 / SU ML: 0.187 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOLVE AND SHARP WERE ALSO USED TO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2732 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 52031 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.23 Å21.12 Å20 Å2
2--2.23 Å20 Å2
3----3.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7171 0 64 216 7451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.98110039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6755930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.28924.625307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.607151209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2211538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.23336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.25031
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0790.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5923.54773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.97247490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.94552963
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4726.52549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3095 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.55
loose thermal2.910
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.279 206
Rwork0.27 3804
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3136-0.43020.12584.1966-0.57511.64550.22520.1399-0.0567-1.0491-0.2288-0.08930.53480.16730.00360.33860.1303-0.0066-0.34450.0047-0.285396.643-21.166-13.832
20.9782-0.80810.44676.1839-1.39581.741-0.1192-0.03440.08371.3669-0.1865-0.8265-0.54540.1510.30570.2096-0.1006-0.2149-0.30180.0716-0.1775104.906-25.27928.058
39.047-4.838-2.166613.85864.12828.8924-1.6288-0.6664-1.01621.87710.50543.45271.0148-0.29821.12350.01050.11320.4411-0.32080.18870.70967.596-19.8648.399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 432
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 432
3X-RAY DIFFRACTION3T23 - 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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