[日本語] English
万見
- PDB-2btq: Structure of BtubAB heterodimer from Prosthecobacter dejongeii -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2btq
タイトルStructure of BtubAB heterodimer from Prosthecobacter dejongeii
要素
  • TUBULIN BTUBA
  • TUBULIN BTUBB
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CYTOSKELETAL PROTEIN-COMPLEX / BACTERIAL TUBULIN / CYTOSKELETON / POLYMERIZATION / VERRUCOMICROBIA / PROTEIN COMPLEX / CYTOSKELETAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site ...Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Tubulin BtubB / Tubulin
類似検索 - 構成要素
生物種PROSTHECOBACTER DEJONGEII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Schlieper, D. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of Bacterial Tubulin Btuba/B: Evidence for Horizontal Gene Transfer.
著者: Schlieper, D. / Oliva, M.A. / Andreu, J.M. / Lowe, J.
履歴
登録2005年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TUBULIN BTUBA
B: TUBULIN BTUBB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5927
ポリマ－97,7652
非ポリマー8275
水00
1
A: TUBULIN BTUBA
B: TUBULIN BTUBB
ヘテロ分子

A: TUBULIN BTUBA
B: TUBULIN BTUBB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,18514
ポリマ－195,5304
非ポリマー1,65510
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)154.398, 154.398, 256.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 TUBULIN BTUBA


分子量: 51299.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PROSTHECOBACTER DEJONGEII (バクテリア)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM 12251) / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q8GCC5
#2: タンパク質 TUBULIN BTUBB


分子量: 46465.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PROSTHECOBACTER DEJONGEII (バクテリア)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM 12251) / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q8GCC1
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
配列の詳細THE SEQADV RECORDS BELOW FOR THE BTUBA SEQUENCE APPEARS TO BE FROM A NATURAL VARIATION IN THE GENE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.73 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 1.5M LI2SO4, 0.4M TRIS/HCL, PH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→53.52 Å / Num. obs: 29998 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BTO

2bto


解像度: 3.2→53.52 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2466 1509 4.9 %RANDOM
Rwork0.2147 ---
obs0.2147 29998 98.3 %-
溶媒の処理Bsol: 90.9632 Å2 / ksol: 0.339518 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.911 Å2-4.063 Å20 Å2
2---10.911 Å20 Å2
3---21.823 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→53.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6354 0 48 0 6402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007352
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37569
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.80424
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8158
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.24 Å / Total num. of bins used: 30 /
Rfactor反射数
Rfree0.3334 51
Rwork0.3538 939
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2GDP.PAR
X-RAY DIFFRACTION3SO4.PAR

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る