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- PDB-2bt2: Structure of the regulator of G-protein signaling 16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bt2
タイトルStructure of the regulator of G-protein signaling 16
要素REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 16
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPASE ACTIVATING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of signal transduction / positive regulation of GTPase activity / visual perception / GTPase activator activity / G alpha (z) signalling events / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / calmodulin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway ...regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of signal transduction / positive regulation of GTPase activity / visual perception / GTPase activator activity / G alpha (z) signalling events / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / calmodulin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 ...Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of G-protein signaling 16
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bunkoczi, G. / Haroniti, A. / Longman, E. / Niesen, F. / Soundararajan, M. / Ball, L.J. / von Delft, F. / Doyle, D.A. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2008
タイトル: Structural Diversity in the Rgs Domain and its Interaction with Heterotrimeric G Protein Alpha- Subunits.
著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / ...著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2005年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 16
B: REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 16
C: REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 16
D: REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 16
E: REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9485
ポリマ-91,9485
非ポリマー00
6,774376
1
A: REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3901
ポリマ-18,3901
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3901
ポリマ-18,3901
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3901
ポリマ-18,3901
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3901
ポリマ-18,3901
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3901
ポリマ-18,3901
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.585, 31.743, 151.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2052-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
12A
22C
32D
13B
23E
14A
24B
34C
44D
54E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A54 - 140
2114B54 - 140
3114C54 - 140
4114D54 - 140
5114E54 - 140
1214A149 - 188
2214B149 - 188
3214C149 - 188
4214D149 - 188
5214E149 - 188
1124A130 - 149
2124C130 - 149
3124D130 - 149
1134B130 - 149
2134E130 - 149
1144A45 - 54
2144B45 - 54
3144C45 - 54
4144D45 - 54
5144E45 - 54

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.99636, -0.01049, 0.08455), (-0.01063, 0.99994, -0.00115), (-0.08453, -0.00204, -0.99642)-4.57949, 0.48144, 63.29848
3given(0.99921, 0.00472, -0.03934), (-0.00465, 0.99999, 0.0019), (0.03935, -0.00172, 0.99922)2.14832, 2.44224, -31.47958
4given(0.9976, 0.00477, 0.06912), (-0.00444, 0.99998, -0.00485), (-0.06915, 0.00453, 0.9976)-3.42816, -2.56613, 31.58353
5given(-0.99069, -0.01439, 0.13541), (-0.01313, 0.99986, 0.01015), (-0.13554, 0.00827, -0.99074)-7.49536, -2.6761, 94.14874

-
要素

#1: タンパク質
REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 16 / RGS16 / RETINALLY ABUNDANT REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING / RGS-R / A28-RGS14P


分子量: 18389.561 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 53-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: LYMPHOCYTE / 器官: LUNG, RETINA / プラスミド: PLIC-SGC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15492
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
構成要素の詳細FUNCTION: INHIBITOR OF SIGNAL TRANSDUCTION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, PH 5.5, 26% PEG3350, 0.1 M NH4AC

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.968
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.23 Å / Num. obs: 216171 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.32 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.66 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / % possible all: 85.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AGR
解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.698 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 2980 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.195 55845 95.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.48 Å20 Å20.34 Å2
2---1.27 Å20 Å2
3---2.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5536 0 0 376 5912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225703
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.9337717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.873311567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5635720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.24124.022276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.64515935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7841533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21400
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.24762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.22990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.23156
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1650.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.25833644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.47731439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.25155677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8182311
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.207112033
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11A1744medium positional0.360.5
12B1744medium positional0.390.5
13C1744medium positional0.340.5
14D1744medium positional0.390.5
15E1744medium positional0.450.5
21A296medium positional0.50.5
22C296medium positional0.580.5
23D296medium positional0.830.5
31B307medium positional0.30.5
41A88medium positional0.640.5
42B88medium positional0.630.5
43C88medium positional0.570.5
44D88medium positional0.880.5
45E88medium positional0.520.5
11A1744medium thermal1.212
12B1744medium thermal1.282
13C1744medium thermal1.212
14D1744medium thermal1.252
15E1744medium thermal1.282
21A296medium thermal0.982
22C296medium thermal0.952
23D296medium thermal12
31B307medium thermal1.012
41A88medium thermal1.132
42B88medium thermal0.862
43C88medium thermal1.322
44D88medium thermal0.842
45E88medium thermal0.992
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 193 -
Rwork0.265 3596 -
obs--84.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
114.059314.4718-5.979515.053-6.94326.51010.4051-0.1517-0.40740.3701-0.1565-0.1276-0.43840.4788-0.2486-0.0369-0.04550.00930.2912-0.02590.101841.627539.306536.1921
22.62880.6312-0.15521.9821-0.5371.6501-0.0927-0.0795-0.14870.18170.0268-0.26240.03690.18580.0659-0.06460.0341-0.0272-0.13130.0082-0.159914.047729.94937.6407
31.63765.01632.364420.16354.73974.7192-0.32230.5192-0.63320.13950.66-0.9642-0.08620.6975-0.3377-0.06880.08920.05370.22850.03770.362839.709326.116434.8657
44.7472-6.1631-3.708614.04386.13534.47470.37430.2370.2703-0.3362-0.28570.7184-0.3225-0.0254-0.0886-0.04170.10320.01410.29530.08810.2395-43.874439.295724.3569
54.04980.604-0.51332.0764-0.18891.8156-0.03430.0276-0.198-0.0752-0.04210.08920.0755-0.23650.0764-0.06880.0321-0.0056-0.1120.0193-0.163-15.566630.220524.4975
612.7584-7.7550.93497.4788-5.26648.05120.0109-0.2233-0.3537-0.36310.20740.66840.1247-0.5909-0.2184-0.0667-0.0949-0.00510.2701-0.07530.1218-41.386125.828825.5221
74.7028.6651-2.593819.0992-6.9275.04640.3866-0.1816-0.16640.74410.0115-0.4247-0.59460.2-0.398-0.0512-0.09460.03370.2039-0.03390.095943.027142.16525.9186
82.84390.2595-0.16971.4237-0.26381.699-0.0413-0.0126-0.13540.1172-0.0253-0.19560.07750.20550.0667-0.07120.01430.0022-0.1563-0.002-0.186614.744232.40696.6216
98.63347.7083-1.067918.62955.24794.5267-0.11-0.028-0.9678-0.03290.0728-1.43540.08340.73440.0372-0.07050.10330.02610.19030.12170.191739.919327.06074.6888
1019.150310.9588-0.945424.777-4.65210.95990.46941.17010.72220.51260.2647-0.792-0.0736-0.3882-0.7340.0332-0.11070.08880.5365-0.10030.397940.385536.444665.3274
113.7618-0.8762-0.33033.84430.08671.6257-0.047-0.0634-0.10070.2895-0.0027-0.23790.10430.16340.0497-0.02240.0181-0.045-0.05890.0059-0.142213.204827.134868.1855
126.87747.7646-1.701512.77793.06296.6132-0.28690.6619-0.3881-0.69570.2587-1.1327-0.39070.67830.02810.07690.10840.02880.30520.01470.395938.510122.914763.4642
1314.5806-7.1258-3.906710.9425.43672.71480.46280.87411.1115-0.5431-0.2587-0.1518-0.2529-0.0491-0.20410.00920.16190.04370.43260.12010.4742-44.796136.35553.4963
144.32930.5122-0.07493.25810.10792.1547-0.0667-0.0422-0.16990.0112-0.04730.30170.0385-0.24320.1141-0.04770.0116-0.0206-0.0277-0.0096-0.1413-16.382827.553955.2161
1520.63-14.759-0.679233.2558-7.30323.17560.3282-1.151-0.702-0.54710.0691.34560.3126-0.9637-0.3973-0.0208-0.10060.01320.5603-0.06590.3299-42.541823.122754.9015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A46 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2A61 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3A173 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4B46 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5B61 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6B173 - 187
7X-RAY DIFFRACTION7C45 - 60
8X-RAY DIFFRACTION8C61 - 172
9X-RAY DIFFRACTION9C173 - 186
10X-RAY DIFFRACTION10D47 - 60
11X-RAY DIFFRACTION11D61 - 172
12X-RAY DIFFRACTION12D173 - 187
13X-RAY DIFFRACTION13E45 - 60
14X-RAY DIFFRACTION14E61 - 172
15X-RAY DIFFRACTION15E173 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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