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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2awp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Plasmodium knowlesi structure of Iron Super-Oxide Dismutase | ||||||
要素 | Iron Super-Oxide Dismutase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Iron Super-Oxide Dismutase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Dong, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Alam, Z. / Melone, M. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Koeieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...Dong, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Alam, Z. / Melone, M. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Koeieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007 タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms. 著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ... BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE AUTHORS STATE THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. | ||||||
Remark 999 | SEQEUNCE THE PLASMODIUM KNOWLESI IRON SUPEROXIDE DISMUTASE SEQUENCE COMES FROM THE SANGER INSTITUTE WEBSITE. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2awp.cif.gz | 105 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2awp.ent.gz | 79.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2awp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2awp_validation.pdf.gz | 428.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2awp_full_validation.pdf.gz | 428.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2awp_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2awp_validation.cif.gz | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/2awp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/2awp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1txjC 1xccC 1y6zC 1z6gC 1z7dC 1z81C 1zo2C 2a22C 2a4aC 2aifC 2amxC 2aqwC 2av4C 2ayvC 2b71C 2bddC 2f4zC 2fdsC 2ffcC 2fo3C 2fu0C 2ghiC 2h1rC 2h2yC 2h66C 2hjrC 2hteC 2hvgC 3pggC 3tb2C 2ao3 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22711.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: D0VWV6*PLUS, superoxide dismutase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.1 詳細: 30%PEG4K,0.2M NH4 Acetate,0.1M Na Cacodylate,5mM MnCl2, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月5日 / 詳細: VeriMax |
放射 | モノクロメーター: VeriMax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 26770 / Num. obs: 26770 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rsym value: 0.157 / Net I/σ(I): 4.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Rsym value: 0.578 / % possible all: 90.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2AO3 2ao3 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 3.712 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.707 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
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