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- PDB-1p7k: Crystal structure of an anti-ssDNA antigen-binding fragment (Fab)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p7k
タイトルCrystal structure of an anti-ssDNA antigen-binding fragment (Fab) bound to 4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethanesulfonic acid (HEPES)
要素
  • antibody heavy chain FAB
  • antibody light chain FAB
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB / ANTIBODY / ANTI-DNA ANTIBODY / AUTOANTIBODY / LUPUS / HEPES
機能・相同性
機能・相同性情報


humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating ...humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell differentiation / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / blood microparticle / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Igk protein / Ig gamma-1 chain C region secreted form / : / Anti-myosin immunoglobulin heavy chain variable region
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Schuermann, J.P. / Henzl, M.T. / Deutscher, S.L. / Tanner, J.J.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Structure of an anti-DNA fab complexed with a non-DNA ligand provides insights into cross-reactivity and molecular mimicry.
著者: Schuermann, J.P. / Henzl, M.T. / Deutscher, S.L. / Tanner, J.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ANTIGEN-BINDING FRAGMENT BOUND TO SINGLE-STRANDED DNA
著者: TANNER, J.J. / KOMISSAROV, A.A. / DEUTSCHER, S.L.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: CRYSTALLIZATION AND MOLECULAR REPLACEMENT STUDIES OF A RECOMBINANT ANTIGEN-BINDING FRAGMENT COMPLEXED WITH SINGLE-STRANDED DNA
著者: PREWITT, S.P. / KOMISSAROV, A.A. / DEUTSCHER, S.L. / TANNER, J.J.
履歴
登録2003年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: antibody light chain FAB
H: antibody heavy chain FAB
A: antibody light chain FAB
B: antibody heavy chain FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,51837
ポリマ－95,5384
非ポリマー3,98033
水13,890771
1
L: antibody light chain FAB
H: antibody heavy chain FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,00921
ポリマ－47,7692
非ポリマー2,24019
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
2
A: antibody light chain FAB
B: antibody heavy chain FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,50916
ポリマ－47,7692
非ポリマー1,74014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.666, 156.703, 61.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-801-

SO4

21H-802-

SO4

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 LAHB

#1: 抗体 antibody light chain FAB


分子量: 23616.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PCOMB3/6-HIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH12S / 参照: UniProt: Q8VCP0, UniProt: I6L978*PLUS
#2: 抗体 antibody heavy chain FAB


分子量: 24153.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PCOMB3/6-HIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH12S / 参照: UniProt: Q9JL75, UniProt: P01868*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 804分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 771 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: AMMONIUM SULFATE, HEPES, PEG 400, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11731
21731
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RUH3R11.54
シンクロトロンNSLS X8C20.9795
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2000年7月27日Osmic MaxFlux confocal optics
ADSC QUANTUM 42CCD2001年4月22日NSLS X8C BEAMLINE OPTICS
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2NSLS X8C BEAMLINE OPTICSSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
20.97951
反射解像度: 1.75→48.14 Å / Num. all: 104812 / Num. obs: 98022 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 9734 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I8M

1i8m


解像度: 1.75→48.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 9796 10 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.201 104748 --
obs0.197 97936 93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.2987 Å2 / ksol: 0.373129 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----1.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6500 0 249 771 7520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.162.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 992 10.3 %
Rwork0.294 8668 -
obs-9734 94.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMMOL3.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MOL3.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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