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- PDB-1oga: A structural basis for immunodominant human T-cell receptor recog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oga
タイトルA structural basis for immunodominant human T-cell receptor recognition.
要素
  • (T-CELL RECEPTOR ...) x 2
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • GILGFVFTL
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
キーワードIMMUNE SYSTEM/RECEPTOR / IMMUNE SYSTEM-RECEPTOR-COMPLEX / TCR / MHC / IMMUNODOMINANCE / FLU / COMPLEX / TRANSMEMBRANE / GLYCOPROTEIN / POLYMORPHISM / T-CELL / RECEPTOR / IMMUNE SYSTEM-RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / regulation of membrane depolarization / alpha-beta T cell receptor complex / retina homeostasis / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation ...: / : / regulation of membrane depolarization / alpha-beta T cell receptor complex / retina homeostasis / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / Generation of second messenger molecules / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / PD-1 signaling / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / Downstream TCR signaling / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium
類似検索 - 分子機能
: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1 / Beta-2-microglobulin / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Stewart-Jones, G.B.E. / McMichael, A.J. / Bell, J.I. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2003
タイトル: A Structural Basis for Immunodominant Human T Cell Receptor Recognition
著者: Stewart-Jones, G.B.E. / Mcmichael, A.J. / Bell, J.I. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y.
履歴
登録2003年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: GILGFVFTL
D: T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN V REGION
E: T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN C REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9565
ポリマ－96,9565
非ポリマー00
水10,233568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.019, 108.838, 77.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / MHC / A-2 ALPHA CHAIN PRECURSOR


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR ALPHA-1, -2, -3, RESIDUES 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: REFOLDED FROM INCLUSION BODIES. REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN / HDCMA22P / B2M


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA-2-MICROGLOBULIN, RESIDUES 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: REFOLDED FROM INCLUSION BODIES. REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: P01884, UniProt: P61769*PLUS

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T-CELL RECEPTOR ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN V REGION


分子量: 23599.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CONTAINS ALSO C (CONSTANT) REGION / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: REFOLDED FROM INCLUSION BODIES. REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#5: タンパク質 T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN C REGION / TRBC1


分子量: 28559.518 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR, RESIDUES 1-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: REFOLDED FROM INCLUSION BODIES. REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: P01850

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 569分子 C

#3: タンパク質・ペプチド GILGFVFTL


分子量: 966.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: REFOLDED FROM INCLUSION BODIES. PEPTIDE CHAIN C.REFOLDED FROM INCLUSION BODIES
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 14% PEG8000, 50MM MES PH 6.5
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
214 %PEG80001drop
350 mMMES1droppH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 200813 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 38.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 3465000 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QSF

1qsf


解像度: 1.4→29.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 199296.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING, BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 9329 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 187755 93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.2662 Å2 / ksol: 0.371397 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.78 Å20 Å2-1.19 Å2
2--2.54 Å20 Å2
3---2.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6624 0 0 568 7192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.152.5
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 783 5 %
Rwork0.365 14792 -
obs--77.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 178426 / Rfactor Rfree: 0.232
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.369 / Rfactor Rwork: 0.364 / Num. reflection Rwork: 9329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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