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万見
- PDB-1o76: CYANIDE COMPLEX OF P450CAM FROM PSEUDOMONAS PUTIDA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o76
タイトルCYANIDE COMPLEX OF P450CAM FROM PSEUDOMONAS PUTIDA
要素CYTOCHROME P450-CAM
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONO-OXYGENASE / HEME / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CAMPHOR / CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Camphor 5-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fedorov, R. / Ghosh, D. / Schlichting, I.
引用
ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of Cyanide Complexes of P450Cam and the Oxygenase Domain of Inducible Nitric Oxide Synthase-Structural Models of the Short-Lived Oxygen Complexes
著者: Fedorov, R. / Ghosh, D. / Schlichting, I.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: The Catalytic Pathway of Cytochrome P450Cam at Atomic Resolution
著者: Schlichting, I. / Berendzen, J. / Chu, K. / Stock, A.M. / Maves, S.A. / Benson, D.E. / Sweet, R.M. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Sligar, S.G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: High-Resolution Crystal Structure of Cytochrome P450Cam
著者: Poulos, T.L. / Finzel, B.C. / Howard, A.J.
履歴
登録2002年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450-CAM
B: CYTOCHROME P450-CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,00512
ポリマ－93,1762
非ポリマー1,82910
水17,132951
1
A: CYTOCHROME P450-CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5055
ポリマ－46,5881
非ポリマー9174
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOCHROME P450-CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5007
ポリマ－46,5881
非ポリマー9126
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.000, 61.800, 94.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9748, 0.0137, 0.2227), (0.0195, 0.9995, 0.0239), (-0.2223, 0.0277, -0.9746)
ベクター: 32.8412, -29.8396, 46.7099)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450-CAM / CAMPHOR 5-MONOOXYGENASE / P450CAM


分子量: 46587.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYANIDE BOUND TO HEME IRON. HEME ATTACHED VIA CYS357
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase

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非ポリマー , 6種, 961分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION


分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 化合物 ChemComp-CAM / CAMPHOR


分子量: 152.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 951 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.71 %
結晶化温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE SITTING DROP GEOMETRY AT 2 DEG. C. 5 UL OF 30 MG/ML P450 IN 50 MM TRIS HCL, 250 MM KCL, 0.5 MM CAMPHOR WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE SITTING DROP GEOMETRY AT 2 DEG. C. 5 UL OF 30 MG/ML P450 IN 50 MM TRIS HCL, 250 MM KCL, 0.5 MM CAMPHOR WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION (27-30% PEG 4000, 100 MM DTE, SAME BUFFER AS PROTEIN)., pH 7.40
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
240 mMEPPS1droppH7.6
3150 mM1dropNaCl
45 %glycerol1drop
54000 nMH4B1drop
62 mMbeta-mercaptoethanol1drop
750 mMbeta-octylglucoside1drop
8100 mMNa+-L-Arg1reservoirpH7.0
960 mM1reservoirKCN
10100 mMdithiothreitol1reservoir
11100 mMNa+-MES1reservoirpH6.5
120.7 MNa+-malonate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 67892 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.49 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.8→2 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 88.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. measured all: 237007 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.9 % / Rmerge(I) obs: 0.242

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→19 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: N-TERMINUS IS DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2363 3395 4.7 %RANDOM
Rwork0.1964 ---
obs0.1964 67892 94.5 %-
溶媒の処理Bsol: 36.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6406 0 123 951 7480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01073
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.93348
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0107
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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