PDB-1m7d: Crystal structure of a Monoclonal Fab Specific for Shigella flexn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1m7d

タイトル

Crystal structure of a Monoclonal Fab Specific for Shigella flexneri Y Lipopolysaccharide complexed with a trisaccharide

要素

heavy chain of the monoclonal antibody Fab SYA/J6
light chain of the monoclonal antibody Fab SYA/J6

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab-carbohydrate interactions / Shigella O-antigen / anti-carbohydrate antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Vyas, N.K. / Vyas, M.N. / Chervenak, M.C. / Johnson, M.A. / Pinto, B.M. / Bundle, D.R. / Quiocho, F.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Molecular Recognition of Oligosaccharide Epitopes by a Monoclonal Fab Specific for Shigella flexneri Y Lipopolysaccharide: X-ray Structures and Thermodynamics
著者: Vyas, N.K. / Vyas, M.N. / Chervenak, M.C. / Johnson, M.A. / Pinto, B.M. / Bundle, D.R. / Quiocho, F.A.

履歴

登録	2002年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年11月16日	Group: Atomic model
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 999

SEQUENCE At the time of processing, this sequence of chain A and chain B have not yet been ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1m7d.cif.gz	100.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1m7d.ent.gz	74.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1m7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/1m7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/1m7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1m71C 1m7iC 1mcpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6e65-d 5vh4-1 5mv3-2 1iqw-d 5mv3-3 6qna-3 1aj7-d 5mub-6 5mv3-8 4z95-d 2ajy-d 5ihz-3 3inu-2 3u36-4 1ruq-d 1m71-d 2gfb-4 2dtm-d 5mu2-1 5k9j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: light chain of the monoclonal antibody Fab SYA/J6

B: heavy chain of the monoclonal antibody Fab SYA/J6

ヘテロ分子

47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.000, 71.000, 198.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-229- HOH

#1: 抗体

light chain of the monoclonal antibody Fab SYA/J6

分子量: 23717.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C / Cell: Plasmacytoma cell / 細胞株: SYA/J6 hybridoma / 器官: Spleen / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS

#2: 抗体

heavy chain of the monoclonal antibody Fab SYA/J6

分子量: 23547.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C / Cell: Plasmacytoma cell / 細胞株: SYA/J6 hybridoma / 器官: Spleen / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01801*PLUS

#3: 多糖

alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 511.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LRhapa1-3LOlia1-3DGlcpNAc[1Me]b1-OME	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_1OC_2NCC/3=O][ad211m-1a_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2-3/a3-b1_b3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][a-L-Rhap]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: MPD, potassium phoshate, , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
結晶化	*PLUS 詳細: Vyas, M.N., (1993) J. Mol. Biol., 231, 133.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 281 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1990年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 17923 / % possible obs: 76.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 23.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / Num. unique all: 112 / % possible all: 51.3
反射	PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. measured all*: 112922
反射シェル	PLUS % possible obs*: 51.3 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Weissenberg		データ収集
WEIS		データ削減
タンパク質		データ削減
MERLOT		位相決定
CNS	1	精密化
WEISSENBERG		データ削減
WEIS		データスケーリング
タンパク質		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MCP

1mcp

解像度: 2.3→19.98 Å / R_factor R_free error: 0.009 / Data cutoff high absF: 76031.28 / Data cutoff high rms absF: 76031.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Author states residues 127-135 of chain B is part of a disordered segment.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.279	869	4.8 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
all	-	17923	-	-
obs	-	17923	76.6 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 39.674 Å² / k_sol: 0.348726 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.18 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.37 Å	0.29 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.37 Å	0.32 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3322	0	35	121	3478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.92

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.44 Å / R_factor R_free error: 0.031 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	114	5.8 %
R_work	0.285	1844	-
obs	-	-	51.3 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	PARAM1NKV.CHO	TOPH1NKV.CHO

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.3 Å / R_factor R_free: 0.278 / R_factor R_work: 0.214 / % reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	26.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.92

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関連情報:EMDBヘッダ

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