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万見
- PDB-1m7i: CRYSTAL STRUCTURE OF A MONOCLONAL FAB SPECIFIC FOR SHIGELLA FLEXN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m7i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A MONOCLONAL FAB SPECIFIC FOR SHIGELLA FLEXNERI Y LIPOPOLYSACCHARIDE COMPLEXED WITH A PENTASACCHARIDE
要素
  • heavy chain of the monoclonal antibody Fab SYA/J6
  • light chain of the monoclonal antibody Fab SYA/J6
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab-carbohydrate interactions / Shigella O-antigen / and anti-carbohydrate antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
If kappa light chain / Ig heavy chain V-III region J606
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Vyas, N.K. / Vyas, M.N. / Chervenak, M.C. / Johnson, M.A. / Pinto, B.M. / Bundle, D.R. / Quiocho, F.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Molecular Recognition of Oligosaccharide Epitopes by a Monoclonal Fab Specific for Shigella flexneri Y Lipopolysaccharide: X-ray Structures and Thermodynamics
著者: Vyas, N.K. / Vyas, M.N. / Chervenak, M.C. / Johnson, M.A. / Pinto, B.M. / Bundle, D.R. / Quiocho, F.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of a Fab Specific for the O-antigen of Shigella flexneri Cell Surface Lipoplysacharide with and and without Bound Saccharides
著者: Vyas, N.K. / Vyas, M.N. / Chervenak, M.C. / Johnson, M.A. / Pinto, B.M. / Bundle, D.R. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2002年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE At the time of processing, this sequence of chain A and chain B have not yet been ...SEQUENCE At the time of processing, this sequence of chain A and chain B have not yet been deposited in a sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: light chain of the monoclonal antibody Fab SYA/J6
B: heavy chain of the monoclonal antibody Fab SYA/J6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0853
ポリマ－47,2652
非ポリマー8201
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.510, 70.510, 203.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 light chain of the monoclonal antibody Fab SYA/J6


分子量: 23717.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C / Cell: Plasmacytoma cell / 細胞株: SYA/J6 hybridoma / 器官: Spleen / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体 heavy chain of the monoclonal antibody Fab SYA/J6


分子量: 23547.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C / Cell: Plasmacytoma cell / 細胞株: SYA/J6 hybridoma / 器官: Spleen / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01801*PLUS
#3: 多糖 alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-2-acetamido- ...alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-methyl 6-deoxy-alpha-L-rhamnopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 819.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LRhapa1-2LRhapa1-3LRhapa1-3DGlcpNAcb1-2LRhap[1Me]a1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2211m-1a_1-5_1*OC][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2211m-1a_1-5]/1-2-3-3-3/a2-b1_b3-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-L-Rhap]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Rhap]{[(3+1)][a-L-Rhap]{[(2+1)][a-L-Rhap]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: MPD, potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
結晶化
*PLUS
詳細: Vyas, M.N., (1993) J. Mol. Biol., 231, 133.

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データ収集

回折平均測定温度: 281 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1990年6月2日 / 詳細: hoton Factory BL6A2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 14764 / Num. obs: 14375 / % possible obs: 79.6 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Num. unique all: 737 / % possible all: 55.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 108148
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 55.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Weissenbergデータ収集
WEISデータ削減
タンパク質データ削減
MERLOT位相決定
CNS1精密化
WEISSENBERGデータ削減
WEISデータスケーリング
タンパク質データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MCP

1mcp


解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Author states residues 127-135 of chain B is part of a disordered segment.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 737 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
all0.22 14764 --
obs0.22 14375 79.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.142 Å2 / ksol: 0.302051 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.36 Å20 Å20 Å2
2--4.36 Å20 Å2
3----8.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3323 0 56 170 3549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.68
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 74 -
Rwork0.389 0 -
obs-1569 55.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM1NKV.CHOTOPH1NKV.CHO
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.279 / Rfactor Rwork: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.68
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.411

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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