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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m7i | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A MONOCLONAL FAB SPECIFIC FOR SHIGELLA FLEXNERI Y LIPOPOLYSACCHARIDE COMPLEXED WITH A PENTASACCHARIDE | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Fab-carbohydrate interactions / Shigella O-antigen / and anti-carbohydrate antibody | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Vyas, N.K. / Vyas, M.N. / Chervenak, M.C. / Johnson, M.A. / Pinto, B.M. / Bundle, D.R. / Quiocho, F.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Molecular Recognition of Oligosaccharide Epitopes by a Monoclonal Fab Specific for Shigella flexneri Y Lipopolysaccharide: X-ray Structures and Thermodynamics 著者: Vyas, N.K. / Vyas, M.N. / Chervenak, M.C. / Johnson, M.A. / Pinto, B.M. / Bundle, D.R. / Quiocho, F.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of a Fab Specific for the O-antigen of Shigella flexneri Cell Surface Lipoplysacharide with and and without Bound Saccharides 著者: Vyas, N.K. / Vyas, M.N. / Chervenak, M.C. / Johnson, M.A. / Pinto, B.M. / Bundle, D.R. / Quiocho, F.A. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE At the time of processing, this sequence of chain A and chain B have not yet been ...SEQUENCE At the time of processing, this sequence of chain A and chain B have not yet been deposited in a sequence database. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m7i.cif.gz | 97.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m7i.ent.gz | 76.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m7i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/1m7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/1m7i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23717.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C / Cell: Plasmacytoma cell / 細胞株: SYA/J6 hybridoma / 器官: Spleen / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 23547.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C / Cell: Plasmacytoma cell / 細胞株: SYA/J6 hybridoma / 器官: Spleen / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01801*PLUS |
#3: 多糖 | alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-2-acetamido- ...alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-methyl 6-deoxy-alpha-L-rhamnopyranoside |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: MPD, potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
結晶化 | *PLUS 詳細: Vyas, M.N., (1993) J. Mol. Biol., 231, 133. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 281 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1990年6月2日 / 詳細: hoton Factory BL6A2 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 14764 / Num. obs: 14375 / % possible obs: 79.6 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Num. unique all: 737 / % possible all: 55.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 108148 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 55.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1MCP 解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Author states residues 127-135 of chain B is part of a disordered segment.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.142 Å2 / ksol: 0.302051 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.279 / Rfactor Rwork: 0.207 | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.411 |