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- PDB-1lo0: Catalytic Retro-Diels-Alderase Transition State Analogue Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lo0
タイトルCatalytic Retro-Diels-Alderase Transition State Analogue Complex
要素
  • If kappa light chain
  • Ig gamma 2a heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / catalytic antibody / Fab fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / antigen processing and presentation / positive regulation of endocytosis / immunoglobulin mediated immune response / regulation of proteolysis / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / multivesicular body / B cell differentiation / response to bacterium / positive regulation of immune response / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BC1 / If kappa light chain / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hugot, M. / Reymond, J.L. / Baumann, U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: A structural basis for the activity of retro-Diels-Alder catalytic antibodies: evidence for a catalytic aromatic residue.
著者: Hugot, M. / Bensel, N. / Vogel, M. / Reymond, M.T. / Stadler, B. / Reymond, J.L. / Baumann, U.
履歴
登録2002年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE At the time of processing, this sequence has not yet been deposited in a sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: If kappa light chain
Y: Ig gamma 2a heavy chain
L: If kappa light chain
H: Ig gamma 2a heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6186
ポリマ－95,9484
非ポリマー6712
水1,892105
1
X: If kappa light chain
Y: Ig gamma 2a heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3093
ポリマ－47,9742
非ポリマー3351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
2
L: If kappa light chain
H: Ig gamma 2a heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3093
ポリマ－47,9742
非ポリマー3351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.528, 140.095, 85.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: RESTRAINED)

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要素

#1: 抗体 If kappa light chain / Catalytic antibody 9D9


分子量: 24268.992 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然
詳細: The antibodies were isolated from hybridoma cells and Fab fragments were generated by papain digestion.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837, UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体 Ig gamma 2a heavy chain


分子量: 23704.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: The antibodies were isolated from hybridoma cells and Fab fragments were generated by papain digestion.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01865
#3: 化合物 ChemComp-BC1 / 3-{[(9-CYANO-9,10-DIHYDRO-10-METHYLACRIDIN-9-YL)CARBONYL]AMINO}PROPANOIC ACID / 3-[(9-シアノ-10-メチル-9,10-ジヒドロアクリジン-9-イル)カルボニルアミノ]プロパン酸


分子量: 335.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17N3O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
116-20 mg/mlprotein1drop
20.6 mMhapten1drop
310 mMTris-HCl1droppH7.8
40.05 Mimidazole1reservoirpH7.0
512-18 %(w/v)PEG35501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月1日 / 詳細: Yale mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→30.3 Å / Num. obs: 78457 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 1.77→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.136 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Rsym value: 0.136 / % possible all: 0.959
反射
*PLUS
Num. obs: 74192 / % possible obs: 81.7 % / Num. measured all: 1025225
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 28B4

28b4


解像度: 2→30.3 Å / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: CRYSTALS ARE PSEUDO-MEROHEDRALLY TWINNED TWINNING LAW H,-K,-L TWINNING FRACTION 0.3787
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 2879 -RANDOM, BUT KEEPING TWIN- RELATED REFLECTIONS IN THE SAME SET
Rwork0.206 ---
obs0.206 56868 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: SOLVENT MASK / Bsol: 36.9 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.209 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---3.149 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6756 0 50 106 6912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.15
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 231 -
Rwork0.286 5328 -
obs--87.8 %
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.15
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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