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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gko | ||||||
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タイトル | An Engineered Transthyretin Monomer that is Non-amyloidogenic - Unless Partially Denatured | ||||||
要素 | TRANSTHYRETIN | ||||||
キーワード | TRANSPORT(THYROXINE) / TRANSTHYRETIN / TTR / MUTANT MONOMER TRANSTHYRETIN / MUTANT MONOMER TTR / AMYLOID FORMING PROTEIN / AMYLOID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Jiang, X. / Smith, C.S. / Petrassi, H.M. / Hammarstrom, P. / White, J.T. / Sacchettini, J.C. / Kelly, J.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: An Engineered Transthyretin Monomer that is Nonamyloidogenic, Unless It is Partially Denatured 著者: Jiang, X. / Smith, C.S. / Petrassi, H.M. / Hammarstrom, P. / White, J.T. / Sacchettini, J.C. / Kelly, J.W. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gko.cif.gz | 101.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gko.ent.gz | 78.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gko.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gko_validation.pdf.gz | 384.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gko_full_validation.pdf.gz | 395.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gko_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gko_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/1gko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/1gko | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bmzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13779.420 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CHAIN A, B, C, D ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.8 詳細: 0.2 M MGCL2, 0.1 M TRIS BUFFER, PH 8.5, 30% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / pH: 8.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: M / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→27.17 Å / Num. obs: 27827 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 91.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BMZ 解像度: 2.1→6 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.2755 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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