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- PDB-5ttr: LEU 55 PRO TRANSTHYRETIN CRYSTAL STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ttr
タイトルLEU 55 PRO TRANSTHYRETIN CRYSTAL STRUCTURE
要素TRANSTHYRETIN
キーワードTRANSPORT / TRANSTHYRETIN / AMYLOID / FAP / THYROXINE
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sebastiao, M.P. / Saraiva, M.J. / Damas, A.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of amyloidogenic Leu55 --> Pro transthyretin variant reveals a possible pathway for transthyretin polymerization into amyloid fibrils.
著者: Sebastiao, M.P. / Saraiva, M.J. / Damas, A.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Leu55Pro Variant Transthyretin
著者: Sebastiao, P. / Dauter, Z. / Saraiva, M.J. / Damas, A.M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Transthyretin Mutation Leu-55-Pro Significantly Alters Tetramer Stability and Increases Amyloidogenicity
著者: Mccutchen, S.L. / Colon, W. / Kelly, J.W.
#3: ジャーナル: Hum.Genet. / 年: 1992
タイトル: Transthyretin Pro55, a Variant Associated with Early-Onset, Aggressive, Diffuse Amyloidosis with Cardiac and Neurologic Involvement
著者: Jacobson, D.R. / Mcfarlin, D.E. / Kane, I. / Buxbaum, J.N.
履歴
登録1998年4月30日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
C: TRANSTHYRETIN
D: TRANSTHYRETIN
E: TRANSTHYRETIN
F: TRANSTHYRETIN
G: TRANSTHYRETIN
H: TRANSTHYRETIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,0918
ポリマ－110,0918
非ポリマー00
水00
1
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN

A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0454
ポリマ－55,0454
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
2
C: TRANSTHYRETIN
D: TRANSTHYRETIN
E: TRANSTHYRETIN
F: TRANSTHYRETIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0454
ポリマ－55,0454
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19710 Å2
手法PISA
3
G: TRANSTHYRETIN
H: TRANSTHYRETIN

G: TRANSTHYRETIN
H: TRANSTHYRETIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0454
ポリマ－55,0454
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)149.990, 78.740, 98.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.597904, -0.003015, -0.801562), (-0.000247, -0.999992, 0.003947), (-0.801567, 0.002558, 0.597899)
ベクター: 0.35072, 101.29226, -0.06993)

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要素

#1: タンパク質
TRANSTHYRETIN / PREALBUMIN / TTR


分子量: 13761.317 Da / 分子数: 8 / 変異: L55P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop contained 50:50 mixture of protein and reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
245 %satammonium sulfate1reservoir
37 %PEG4001reservoir
4100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.064
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.064 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→15 Å / Num. obs: 31394 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
PROLSQ精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TTA

1tta


解像度: 2.7→8 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.199 --
obs-68168 98 %
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7147 0 0 0 7147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0470.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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