+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f90 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | FAB FRAGMENT OF MONOCLONAL ANTIBODY (LNKB-2) AGAINST HUMAN INTERLEUKIN-2 IN COMPLEX WITH ANTIGENIC PEPTIDE | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / antigen-binding fragment / interleukin-2 / antigenic peptide | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Afonin, P.V. / Fokin, A.V. / Tsigannik, I.N. / Mikhailova, I.Y. / Onoprienko, L.V. / Mikhaleva, I.I. / Ivanov, V.T. / Mareeva, T.Y. / Nesmeyanov, V.A. / Li, N. ...Afonin, P.V. / Fokin, A.V. / Tsigannik, I.N. / Mikhailova, I.Y. / Onoprienko, L.V. / Mikhaleva, I.I. / Ivanov, V.T. / Mareeva, T.Y. / Nesmeyanov, V.A. / Li, N. / Duax, W.L. / Pletnev, V.Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of an anti-interleukin-2 monoclonal antibody Fab complexed with an antigenic nonapeptide. 著者: Afonin, P.V. / Fokin, A.V. / Tsygannik, I.N. / Mikhailova, I.Y. / Onoprienko, L.V. / Mikhaleva, I.I. / Ivanov, V.T. / Mareeva, T.Y. / Nesmeyanov, V.A. / Li, N. / Pangborn, W.A. / Duax, W.L. / Pletnev, V.Z. #1: ![]() タイトル: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST HUMAN INTERLEUKIN-2 IN TWO CRYSTAL FORMS AT 2.2 AND 2.9 A RESOLUTION. 著者: Fokin, A.V. / Afonin, P.V. / Mikhailova, I.Y. / Tsygannik, I.N. / Mareeva, T.Y. / Nesmeyanov, V.A. / Pangborn, W. / Lee, N. / Duax, W. / Sijak, E. / Pletnev, V.Z. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 999 | SEQUENCE The sequence of the protein has not been deposited in any sequence database. It was ...SEQUENCE The sequence of the protein has not been deposited in any sequence database. It was published in the Bioorganicheskaya Khimiya (Rus) (1995), V21, N6, p430-435. "Cloning cDNA Encoding Fv-Fragments of the Light and Heavy Chains of the Monoclonal Antibody" by A.I.Paskhin, T.N. Golovina, V.A. Nesmeyanov, V.G. Korobko. |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 78.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 377.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 391.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: 抗体 | 分子量: 24203.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 23853.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1055.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The Peptide was Chemically Synthetized in Solution |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 % | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG-4000, 2-propanol, Na-citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→99 Å / Num. all: 13733 / Num. obs: 11984 / % possible obs: 83.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.73 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5825 / Num. unique all: 1850 / % possible all: 97.15 |
反射 | *PLUS Num. obs: 9377 / % possible obs: 99.7 % / Num. measured all: 19271 / Rmerge(I) obs: 0.112 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.6→99 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Cross-validated maximum likelihood simulated annealing refinement (CNS package)
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→99 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 99 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.263 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.4 |