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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e4w | ||||||
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タイトル | crossreactive binding of a circularized peptide to an anti-TGFalpha antibody Fab-fragment | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN) / CROSS-REACTIVITY / PROTEIN-PEPTIDE RECOGNITION | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of B cell activation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...positive regulation of B cell activation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / positive regulation of endocytosis / antigen processing and presentation / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / multivesicular body / B cell differentiation / complement activation, classical pathway / antigen binding / response to bacterium / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hahn, M. / Winkler, D. / Misselwitz, R. / Wessner, H. / Welfle, K. / Zahn, G. / Schneider-Mergener, J. / Hoehne, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cross-Reactive Binding of Cyclic Peptides to an Anti-Tgf Alpha Antibody Fab Fragment: An X-Ray Structural and Thermodynamic Analysis 著者: Hahn, M. / Winkler, D. / Welfle, K. / Misselwitz, R. / Welfle, H. / Wessner, H. / Zahn, G. / Scholz, C. / Seifert, M. / Harkins, R. / Schneider-Mergener, J. / Hoehne, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 925.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | 分子量: 22884.605 Da / 分子数: 1 / 断片: IG KAPPA HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MURINE FAB-FRAGMENT / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23577.947 Da / 分子数: 1 / 断片: IG KAPPA LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MURINE FAB-FRAGMENT / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 411分子 ![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-NI / |
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#5: 化合物 | ChemComp-CL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
構成要素の詳細 | CHAIN P IS A CIRCULAR CLOSED HEPTAMER OF THE SEQUENCE SER-HIS-PHE-ASN-GLU-TYR-GLU. THE N-ATOM OF ...CHAIN P IS A CIRCULAR CLOSED HEPTAMER OF THE SEQUENCE SER-HIS-PHE-ASN-GLU-TYR-GLU. THE N-ATOM OF SER-1 IS COVALENTLY |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: PROTEIN IN TRIS-HCL, 8.5 11-14 MG/ML PRECIPITANT: 12% PEG MME 2000, 5 MM NICL2, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: XRAY RESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→74.5 Å / Num. obs: 39968 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 54.2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 54.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1FBI 解像度: 1.95→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.016 |