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- PDB-1e4w: crossreactive binding of a circularized peptide to an anti-TGFalp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e4w
タイトルcrossreactive binding of a circularized peptide to an anti-TGFalpha antibody Fab-fragment
要素
  • (TAB2) x 2
  • CYCLIC PEPTIDE
キーワードIMMUNE SYSTEM / COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN) / CROSS-REACTIVITY / PROTEIN-PEPTIDE RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / antigen processing and presentation / immunoglobulin mediated immune response / regulation of proteolysis / positive regulation of endocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / multivesicular body / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / response to bacterium / positive regulation of immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 2A
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hahn, M. / Winkler, D. / Misselwitz, R. / Wessner, H. / Welfle, K. / Zahn, G. / Schneider-Mergener, J. / Hoehne, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Cross-Reactive Binding of Cyclic Peptides to an Anti-Tgf Alpha Antibody Fab Fragment: An X-Ray Structural and Thermodynamic Analysis
著者: Hahn, M. / Winkler, D. / Welfle, K. / Misselwitz, R. / Welfle, H. / Wessner, H. / Zahn, G. / Scholz, C. / Seifert, M. / Harkins, R. / Schneider-Mergener, J. / Hoehne, W.
履歴
登録2000年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: TAB2
L: TAB2
P: CYCLIC PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4835
ポリマ－47,3883
非ポリマー942
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-37.6 kcal/mol
Surface area24000 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.220, 94.350, 121.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド CYCLIC PEPTIDE


分子量: 925.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 TAB2


分子量: 22884.605 Da / 分子数: 1 / 断片: IG KAPPA HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MURINE FAB-FRAGMENT / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MOUSE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 参照: UniProt: P01865*PLUS
#2: 抗体 TAB2


分子量: 23577.947 Da / 分子数: 1 / 断片: IG KAPPA LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MURINE FAB-FRAGMENT / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MOUSE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01837*PLUS

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非ポリマー , 3種, 411分子

#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CHAIN P IS A CIRCULAR CLOSED HEPTAMER OF THE SEQUENCE SER-HIS-PHE-ASN-GLU-TYR-GLU. THE N-ATOM OF ...CHAIN P IS A CIRCULAR CLOSED HEPTAMER OF THE SEQUENCE SER-HIS-PHE-ASN-GLU-TYR-GLU. THE N-ATOM OF SER-1 IS COVALENTLY CONNECTED WITH CD OF GLU-7. CHAIN L: THE C-TERMINAL REGION IS THE CONSTANT REGION OF THE IG KAPPA LIGHT CHAIN, THE N-TERMINAL REGION IS THE VARIABLE REGION OF THE IG KAPPA LIGHT CHAIN THE VARIABLE REGION IS AUTOANTIBODY REACTIVE WITH SPECTRIN, (4-HYRDOXY-3-NITROPHENYL) ACETYL, AND FLUORESCEIN, WHICH PROMOTES CENTRAL NERVOUS SYSTEM REMYELINATION
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化pH: 8.5
詳細: PROTEIN IN TRIS-HCL, 8.5 11-14 MG/ML PRECIPITANT: 12% PEG MME 2000, 5 MM NICL2, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
112 %PEG2000 MME1reservoir
25 mM1reservoirNiCl2
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
411-14 mg/mlprotein1drop
520 mMTris-HCl1droppH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.3
検出器タイプ: XRAY RESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→74.5 Å / Num. obs: 39968 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 54.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 54.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FBI

1fbi


解像度: 1.95→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 2099 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-41695 94.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3331 0 2 409 3742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0240.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0450.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0660.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.5082
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.3173
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.1482
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.3783
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0284
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2880.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1880.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2590.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor8.27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor21.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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