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万見
- PDB-1e0p: L intermediate of bacteriorhodopsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e0p
タイトルL intermediate of bacteriorhodopsin
要素BACTERIORHODOPSIN, GROUND STATE
キーワードTRANSPORT / ION TRANSPORT / PHOTORECEPTOR / TRANSMEMBRANE / RETINAL PROTEIN HYDROGEN ION TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種HALOBACTERIUM SALINARIUM (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Royant, A. / Edman, K. / Ursby, T. / Pebay-Peyroula, E. / Landau, E.M. / Neutze, R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Helix Deformation is Coupled to Vectorial Proton Transport in Bacteriorhodopsin'S Photocycle
著者: Royant, A. / Edman, K. / Ursby, T. / Pebay-Peyroula, E. / Landau, E.M. / Neutze, R.
履歴
登録2000年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIORHODOPSIN, GROUND STATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2752
ポリマ－24,9911
非ポリマー2841
水54030
1
A: BACTERIORHODOPSIN, GROUND STATE
ヘテロ分子

A: BACTERIORHODOPSIN, GROUND STATE
ヘテロ分子

A: BACTERIORHODOPSIN, GROUND STATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8256
ポリマ－74,9723
非ポリマー8533
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-50.93 kcal/mol
Surface area26190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.960, 60.960, 109.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 BACTERIORHODOPSIN, GROUND STATE


分子量: 24990.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CONFORMER B IS GROUND STATE, CONFORMER A IS THE L-STATE FORM.
由来: (天然) HALOBACTERIUM SALINARIUM (好塩性) / 株: S9 / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ALTERNATE CONFORMER B GROUND STATE MODEL FROM 1QHJ ALTERNATE CONFORMER A L-STATE MODEL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 5.6
詳細: PROTEIN FROM THE PURPLE MEMBRANE WAS RESOLVED IN OCTYL GLUC, pH 5.60
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: unknown
詳細: Landau, E.M., (1996) Proc.Natl.Acad.Sci.USA., 93, 14532.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.3 Msodium potassium Pi11
23.5 mg/mlprotein11
30.05 %methylpentandiol11
41.2 %beta-octylglycopyranoside11

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30.5 Å / Num. obs: 13088 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.521 / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 73411 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.521

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.1→30.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 2443186 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE COORDINATE FILE CONTAINS 2 MODELS CHAINS A AND B, ONLY A WAS REFINED, B WAS FIXED DURING THE WHOLE REFINEMENT. THE NUMBER OF ATOMS USED IN THE REFINEMENT REFERES TO CHAIN A. FREE R VALUE ...詳細: THE COORDINATE FILE CONTAINS 2 MODELS CHAINS A AND B, ONLY A WAS REFINED, B WAS FIXED DURING THE WHOLE REFINEMENT. THE NUMBER OF ATOMS USED IN THE REFINEMENT REFERES TO CHAIN A. FREE R VALUE TEST SET SAME AS PREVIOUS REFINEMENTS 1QHJ, 1QKP, 1QKO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 593 4.6 %RANDOM
Rwork0.265 ---
obs0.265 12912 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 75.56 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.96 Å2-0.4 Å20 Å2
2---3.96 Å20 Å2
3---7.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1752 0 20 30 1802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 87 4 %
Rwork0.289 2111 -
obs--98.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3RETFIN-CIS.PARRETFIN.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.2935

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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