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- PDB-5j7a: Bacteriorhodopsin ground state structure obtained with Serial Fem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j7a
タイトルBacteriorhodopsin ground state structure obtained with Serial Femtosecond Crystallography
要素Bacteriorhodopsin
キーワードPROTON TRANSPORT / light-driven proton pump / retinal binding / seven transmembrane helix protein
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LI1 / RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nogly, P. / Panneels, V. / Nelson, G. / Gati, C. / Kimura, T. / Milne, C. / Milathianaki, D. / Kubo, M. / Wu, W. / Conrad, C. ...Nogly, P. / Panneels, V. / Nelson, G. / Gati, C. / Kimura, T. / Milne, C. / Milathianaki, D. / Kubo, M. / Wu, W. / Conrad, C. / Coe, J. / Bean, R. / Zhao, Y. / Bath, P. / Dods, R. / Harimoorthy, R. / Beyerlein, K.R. / Rheinberger, J. / James, D. / DePonte, D. / Li, C. / Sala, L. / Williams, G. / Hunter, M. / Koglin, J.E. / Berntsen, P. / Nango, E. / Iwata, S. / Chapman, H.N. / Fromme, P. / Frank, M. / Abela, R. / Boutet, S. / Barty, A. / White, T.A. / Weierstall, U. / Spence, J. / Neutze, R. / Schertler, G. / Standfuss, J.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Lipidic cubic phase injector is a viable crystal delivery system for time-resolved serial crystallography.
著者: Nogly, P. / Panneels, V. / Nelson, G. / Gati, C. / Kimura, T. / Milne, C. / Milathianaki, D. / Kubo, M. / Wu, W. / Conrad, C. / Coe, J. / Bean, R. / Zhao, Y. / Bath, P. / Dods, R. / ...著者: Nogly, P. / Panneels, V. / Nelson, G. / Gati, C. / Kimura, T. / Milne, C. / Milathianaki, D. / Kubo, M. / Wu, W. / Conrad, C. / Coe, J. / Bean, R. / Zhao, Y. / Bath, P. / Dods, R. / Harimoorthy, R. / Beyerlein, K.R. / Rheinberger, J. / James, D. / DePonte, D. / Li, C. / Sala, L. / Williams, G.J. / Hunter, M.S. / Koglin, J.E. / Berntsen, P. / Nango, E. / Iwata, S. / Chapman, H.N. / Fromme, P. / Frank, M. / Abela, R. / Boutet, S. / Barty, A. / White, T.A. / Weierstall, U. / Spence, J. / Neutze, R. / Schertler, G. / Standfuss, J.
#1: ジャーナル: IUCrJ / 年: 2015
タイトル: Lipidic cubic phase serial millisecond crystallography using synchrotron radiation.
著者: Nogly, P. / James, D. / Wang, D. / White, T.A. / Zatsepin, N. / Shilova, A. / Nelson, G. / Liu, H. / Johansson, L. / Heymann, M. / Jaeger, K. / Metz, M. / Wickstrand, C. / Wu, W. / Bath, P. / ...著者: Nogly, P. / James, D. / Wang, D. / White, T.A. / Zatsepin, N. / Shilova, A. / Nelson, G. / Liu, H. / Johansson, L. / Heymann, M. / Jaeger, K. / Metz, M. / Wickstrand, C. / Wu, W. / Bath, P. / Berntsen, P. / Oberthuer, D. / Panneels, V. / Cherezov, V. / Chapman, H. / Schertler, G. / Neutze, R. / Spence, J. / Moraes, I. / Burghammer, M. / Standfuss, J. / Weierstall, U.
履歴
登録2016年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3427
ポリマ－24,8611
非ポリマー3,4806
水30617
1
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,02521
ポリマ－74,5843
非ポリマー10,44018
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area13770 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area25220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.000, 62.000, 110.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 24861.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (好塩性)
株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 組織: PURPLE MEMBRANE / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT


分子量: 639.130 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H86O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6
詳細: Precipitant: 29%-38% PEG 2000, 100 mM phosphate buffer pH 5.6. MAG 9.9 used for LCP formation. Crystallization setup in Hamilton syringe with tube of LCP surrounded by precipitant.

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
Ambient temp details: sample was injected into vacuum chamber thus experienced cooling
Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.83 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.83 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→21.9 Å / Num. obs: 11027 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 163 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Net I/σ(I): 6.56
反射 シェル解像度: 2.3→2.41 Å / 冗長度: 16.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / % possible all: 99.86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
CrystFEL0.6.1データ削減
CrystFEL0.6.1データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H68

1h68


解像度: 2.3→21.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 14.346 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.3625 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.363 / ESU R Free: 0.218
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 650 6.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.1926 10010 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.83 Å2 / Biso mean: 39.282 Å2 / Biso min: 23.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å20.72 Å20 Å2
2--1.45 Å2-0 Å2
3----4.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→21.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1715 0 77 17 1809
Biso mean--47.23 43.13 -
残基数----224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1651.9962487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.892.9864231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4525222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6322.18255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3215268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.008156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0221947
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.371.724894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.371.723893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6942.5781114
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 46 -
Rwork0.275 709 -
all-755 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.819 Å / Origin y: 39.321 Å / Origin z: 34.934 Å
111213212223313233
T0.018 Å2-0.0018 Å2-0.0354 Å2-0.0229 Å2-0.0059 Å2--0.5363 Å2
L1.4776 °2-0.3488 °2-0.2806 °2-2.4409 °2-0.0007 °2--0.9092 °2
S-0.0253 Å °-0.103 Å °0.0395 Å °0.2012 Å °0.0122 Å °-0.1565 Å °-0.0217 Å °0.1353 Å °0.0131 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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