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- PDB-5br5: Structure of bacteriorhodopsin crystallized from ND-MSP1E3D1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5br5
タイトルStructure of bacteriorhodopsin crystallized from ND-MSP1E3D1
要素Bacteriorhodopsin
キーワードION TRANSPORT / Membrane protein / Proton pump
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nikolaev, M. / Round, E. / Gushchin, I. / Gordeliy, V.
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2017
タイトル: Integral Membrane Proteins Can Be Crystallized Directly from Nanodiscs
著者: Nikolaev, M. / Round, E. / Gushchin, I. / Polovinkin, V. / Balandin, T. / Kuzmichev, P. / Shevchenko, V. / Borshchevskiy, V. / Kuklin, A. / Round, A. / Bernhard, F. / Willbold, D. / Buldt, G. / Gordeliy, V.
履歴
登録2015年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2142
ポリマ－26,9301
非ポリマー2841
水39622
1
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6426
ポリマ－80,7893
非ポリマー8533
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area26290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.980, 60.980, 109.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 26929.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H28O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: The crystals were grown using the in meso crystallization method

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.973 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.214
11K, H, -L20.786
反射解像度: 2→47.6 Å / Num. obs: 15615 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.1237 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→47.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 2.533 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24865 753 4.8 %RANDOM
Rwork0.20526 ---
obs0.20737 14861 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.71 Å2-0 Å2-0 Å2
2---8.71 Å2-0 Å2
3---17.43 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1727 0 0 22 1749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.021773
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0091.9842423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.753.0043927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2045218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60422.556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3315262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.227155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0362.939884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0132.934883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7154.391098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7214.3941099
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3313.319889
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3133.319887
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7314.8371325
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.53825.0922193
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.53125.0852190
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.472 59 -
Rwork0.487 1105 -
obs--99.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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