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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cwo | ||||||
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タイトル | HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH THR2, LEU5, D-HIV8, LEU10 CYCLOSPORIN | ||||||
要素 |
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キーワード | ISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX / CYCLOPHILIN-CYCLOSPORIN COMPLEX / CYCLOSPORIN C / IMMUNOSUPPRESSANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding / Basigin interactions / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of protein kinase B activity / neutrophil chemotaxis / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / Assembly Of The HIV Virion / negative regulation of protein kinase activity / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / protein folding / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Mikol, V. / Kallen, J. / Taylor, P. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Conformational Differences of an Immunosuppressant Peptolide in a Single Crystal and in a Crystal Complex with Human Cyclophilin A. 著者: Mikol, V. / Taylor, P. / Kallen, J. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cwo.cif.gz | 63 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cwo.ent.gz | 50.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cwo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cwo_validation.pdf.gz | 380.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cwo_full_validation.pdf.gz | 382.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cwo_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cwo_validation.cif.gz | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/1cwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/1cwo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1cwaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18036.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 遺伝子: CYCLOPHILIN / 遺伝子 (発現宿主): CYCLOPHILIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase |
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#2: タンパク質・ペプチド | タイプ: Cyclic peptide / クラス: 免疫抑制剤 / 分子量: 1265.663 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 詳細: DEAMINOHYDROXYVALINE AT POSITION 1, LEUCINE AT POSITIONS 3 AND 9, CYCLOSPORIN C IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI. CYCLOSPORIN C IS A ...詳細: DEAMINOHYDROXYVALINE AT POSITION 1, LEUCINE AT POSITIONS 3 AND 9, CYCLOSPORIN C IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI. CYCLOSPORIN C IS A NATURAL ANALOG OF CYCLOSPORIN A, OBTAINED FROM A DIFFERENT NUTRIENT BROTH AND DIFFERS FROM CYCLOSPORIN A IN RESIDUE 6 (ABA6THR). THIS IS A CYCLOSPORIN C VARIANT THAT DIFFERS AT 1, 3, AND 9 POSITIONS. 由来: (合成) TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類) 参照: NOR: NOR00035, Cyclosporin C variant (DAL 1 to VAD, MLE 3 to LEU, VAL 9 to LEU) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | CYCLOSPORI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.82 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.2 / 詳細: PH 8.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to cross-seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年11月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 11317 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 57971 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CWA 解像度: 1.86→8 Å / Data cutoff high absF: 30000 / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.167 / Rfactor Rfree: 0.215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |