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万見
- PDB-1bey: ANTIBODY TO CAMPATH-1H HUMANIZED FAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bey
タイトルANTIBODY TO CAMPATH-1H HUMANIZED FAB
要素(CAMPATH-1H ANTIBODY) x 2
キーワードANTIBODY / FAB / CAMPATH-1H / CD52
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / immune response / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Ig-like domain-containing protein / IGH@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Cheetham, G.M.T. / Hale, G. / Waldmann, H. / Bloomer, A.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structures of a rat anti-CD52 (CAMPATH-1) therapeutic antibody Fab fragment and its humanized counterpart.
著者: Cheetham, G.M. / Hale, G. / Waldmann, H. / Bloomer, A.C.
履歴
登録1998年5月18日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CAMPATH-1H ANTIBODY
H: CAMPATH-1H ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0152
ポリマ－47,0152
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.060, 80.060, 347.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: 抗体 CAMPATH-1H ANTIBODY


分子量: 23596.271 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA CULTURE SUPERNATANT / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 243868, UniProt: Q6GMX0*PLUS
#2: 抗体 CAMPATH-1H ANTIBODY


分子量: 23418.307 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA CULTURE SUPERNATANT / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 243866, UniProt: Q6GMX6*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
220 %PEG40001reservoir
30.2 Mimidazole1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→20 Å / Num. obs: 10139 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.25→3.42 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.204 / % possible all: 67
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.6 % / Rmerge(I) obs: 0.227

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
CNS精密化
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 7FAB (CON) 1FDL (VAR)

7fab

1fdl


解像度: 3.25→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Isotropic thermal model: GROUPED, UNRESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 462 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 8437 90.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.39 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.9 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3247 0 0 0 3247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.23
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.059 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 32 3.5 %
Rwork0.321 604 -
obs--68.6 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PA / Topol file: CNS_TOPPAR:PROTEIN.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.229 / Rfactor Rfree: 0.309
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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