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万見
- PDB-5n4g: human Fab fragment 12E1 against NHBA from Neisseria meningitidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n4g
タイトルhuman Fab fragment 12E1 against NHBA from Neisseria meningitidis
要素
  • HEAVY CHAIN
  • LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Maritan, M. / Malito, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of human Fabs targeting the Bexsero meningococcal vaccine antigen NHBA.
著者: Maritan, M. / Cozzi, R. / Lo Surdo, P. / Veggi, D. / Bottomley, M.J. / Malito, E.
履歴
登録2017年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: HEAVY CHAIN
L: LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4538
ポリマ－52,0132
非ポリマー4406
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.880, 82.160, 100.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 HEAVY CHAIN


分子量: 27683.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fab heavy chain. the sequence provided include the cleavable tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pRS5a / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 LIGHT CHAIN


分子量: 24329.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate 0.1 M sodium citrate 2 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→45.71 Å / Num. obs: 14236 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 68.24 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.151 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.609 / Rpim(I) all: 0.605 / Rsym value: 1.009 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IMK

4imk


解像度: 2.75→23.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.812 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.404 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 3.817 / SU Rfree Blow DPI: 0.362 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.364
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 717 5.05 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.19 14204 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.2435 Å20 Å20 Å2
2--7.8012 Å20 Å2
3----33.0447 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→23.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3337 0 26 73 3436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013440HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.294674HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1154SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes74HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes497HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3440HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.75
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion453SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3723SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 153 5.35 %
Rwork0.231 2708 -
all0.237 2861 -
obs--97.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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