+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6772 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human respiratory complex I transmembrane arm | |||||||||
![]() | This map was obtained by sub-region refinement. | |||||||||
![]() |
| |||||||||
機能・相同性 | ![]() Complex I biogenesis / response to light intensity / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / protein insertion into mitochondrial inner membrane / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / Mitochondrial protein import / mitochondrial large ribosomal subunit binding ...Complex I biogenesis / response to light intensity / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / protein insertion into mitochondrial inner membrane / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / Mitochondrial protein import / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / neural precursor cell proliferation / : / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / respiratory chain complex I / cellular response to glucocorticoid stimulus / deoxynucleoside kinase activity / azurophil granule membrane / iron-sulfur cluster assembly / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / positive regulation of execution phase of apoptosis / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / endopeptidase activator activity / ubiquinone binding / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / cellular response to interferon-beta / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / : / Mitochondrial protein degradation / aerobic respiration / reactive oxygen species metabolic process / cerebellum development / neurogenesis / response to cocaine / fatty acid binding / mitochondrial membrane / apoptotic signaling pathway / sensory perception of sound / ionotropic glutamate receptor binding / response to nicotine / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / negative regulation of cell growth / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of protein catabolic process / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to ethanol / in utero embryonic development / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / response to hypoxia / nuclear speck / mitochondrial matrix / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | Gu J / Wu M / Yang M | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Architecture of Human Mitochondrial Respiratory Megacomplex IIIIIV. 著者: Runyu Guo / Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Maojun Yang / ![]() 要旨: The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, ...The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, we examined the human respiratory chain megacomplex-IIIIIV (MCIIIIIV) with 140 subunits and a subset of associated cofactors using cryo-electron microscopy. The MCIIIIIV forms a circular structure with the dimeric CIII located in the center, where it is surrounded by two copies each of CI and CIV. Two cytochrome c (Cyt.c) molecules are positioned to accept electrons on the surface of the c state CIII dimer. Analyses indicate that CII could insert into the gaps between CI and CIV to form a closed ring, which we termed the electron transport chain supercomplex. The structure not only reveals the precise assignment of individual subunits of human CI and CIII, but also enables future in-depth analysis of the electron transport chain as a whole. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 22.8 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.4 KB 12.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 20.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 310.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 309.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5xtcMC ![]() 6771C ![]() 6773C ![]() 6774C ![]() 6775C ![]() 6776C ![]() 5xtbC ![]() 5xtdC ![]() 5xteC ![]() 5xthC ![]() 5xtiC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | This map was obtained by sub-region refinement. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Human respiratory complex I transmembrane arm
全体 | 名称: Human respiratory complex I transmembrane arm |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human respiratory complex I transmembrane arm
超分子 | 名称: Human respiratory complex I transmembrane arm / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#29 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 1.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3.0) |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 167761 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |