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- EMDB-3517: Structural reorganization of the chromatin remodeling enzyme Chd1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3517
タイトルStructural reorganization of the chromatin remodeling enzyme Chd1 upon engagement with nucleosomes.
マップデータS.Cerevisiae Chd1 bound to 601-Nucleosome
試料
  • 複合体: Chd1-Nucleosome complex
    • 複合体: Chd1
    • 複合体: Nucleosome
    • Other: Chromodomain Helicase DNA binding protein
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Sundaramoorthy R / Owen-Hughes T
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural reorganization of the chromatin remodeling enzyme Chd1 upon engagement with nucleosomes.
著者: Ramasubramanian Sundaramoorthy / Amanda L Hughes / Vijender Singh / Nicola Wiechens / Daniel P Ryan / Hassane El-Mkami / Maxim Petoukhov / Dmitri I Svergun / Barbara Treutlein / Salina Quack ...著者: Ramasubramanian Sundaramoorthy / Amanda L Hughes / Vijender Singh / Nicola Wiechens / Daniel P Ryan / Hassane El-Mkami / Maxim Petoukhov / Dmitri I Svergun / Barbara Treutlein / Salina Quack / Monika Fischer / Jens Michaelis / Bettina Böttcher / David G Norman / Tom Owen-Hughes /
要旨: The yeast Chd1 protein acts to position nucleosomes across genomes. Here, we model the structure of the Chd1 protein in solution and when bound to nucleosomes. In the apo state, the DNA-binding ...The yeast Chd1 protein acts to position nucleosomes across genomes. Here, we model the structure of the Chd1 protein in solution and when bound to nucleosomes. In the apo state, the DNA-binding domain contacts the edge of the nucleosome while in the presence of the non-hydrolyzable ATP analog, ADP-beryllium fluoride, we observe additional interactions between the ATPase domain and the adjacent DNA gyre 1.5 helical turns from the dyad axis of symmetry. Binding in this conformation involves unravelling the outer turn of nucleosomal DNA and requires substantial reorientation of the DNA-binding domain with respect to the ATPase domains. The orientation of the DNA-binding domain is mediated by sequences in the N-terminus and mutations to this part of the protein have positive and negative effects on Chd1 activity. These observations indicate that the unfavorable alignment of C-terminal DNA-binding region in solution contributes to an auto-inhibited state.
履歴
登録2016年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月28日-
マップ公開2017年4月5日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0145
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0145
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3517.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3517.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈S.Cerevisiae Chd1 bound to 601-Nucleosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.58 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0145 / ムービー #1: 0.0145
最小 - 最大-0.021911494 - 0.14400715
平均 (標準偏差)0.0008408567 (±0.0077083986)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 316.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.581.581.58
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.000316.000316.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0220.1440.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chd1-Nucleosome complex

全体名称: Chd1-Nucleosome complex
要素
  • 複合体: Chd1-Nucleosome complex
    • 複合体: Chd1
    • 複合体: Nucleosome
    • Other: Chromodomain Helicase DNA binding protein

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超分子 #1: Chd1-Nucleosome complex

超分子名称: Chd1-Nucleosome complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: S.Cerevisiae chromatin remodelling enzyme in complex with 601-nucleosome
分子量理論値: 400 KDa

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超分子 #2: Chd1

超分子名称: Chd1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: Nucleosome

超分子名称: Nucleosome / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Chromodomain Helicase DNA binding protein

分子名称: Chromodomain Helicase DNA binding protein / タイプ: other / ID: 1 / 詳細: Protein / 分類: other
配列文字列: MAAKDISTEV LQNPELYGLR RSHRAAAHQQ NYFNDSDDED DEDNIKQSRR KRMTTIEDDE DEFEDEEGE EDSGEDEDEE DFEEDDDYYG SPIKQNRSKP KSRTKSKSKS KPKSQSEKQS T VKIPTRFS NRQNKTVNYN IDYSDDDLLE SEDDYGSEEA LSEENVHEAS ...文字列:
MAAKDISTEV LQNPELYGLR RSHRAAAHQQ NYFNDSDDED DEDNIKQSRR KRMTTIEDDE DEFEDEEGE EDSGEDEDEE DFEEDDDYYG SPIKQNRSKP KSRTKSKSKS KPKSQSEKQS T VKIPTRFS NRQNKTVNYN IDYSDDDLLE SEDDYGSEEA LSEENVHEAS ANPQPEDFHG ID IVINHRL KTSLEEGKVL EKTVPDLNNC KENYEFLIKW TDESHLHNTW ETYESIGQVR GLK RLDNYC KQFIIEDQQV RLDPYVTAED IEIMDMERER RLDEFEEFHV PERIIDSQRA SLED GTSQL QYLVKWRRLN YDEATWENAT DIVKLAPEQV KHFQNRENSK ILPQYSSNYT SQRPR FEKL SVQPPFIKGG ELRDFQLTGI NWMAFLWSKG DNGILADEMG LGKTVQTVAF ISWLIF ARR QNGPHIIVVP LSTMPAWLDT FEKWAPDLNC ICYMGNQKSR DTIREYEFYT NPRAKGK KT MKFNVLLTTY EYILKDRAEL GSIKWQFMAV DEAHRLKNAE SSLYESLNSF KVANRMLI T GTPLQNNIKE LAALVNFLMP GRFTIDQEID FENQDEEQEE YIHDLHRRIQ PFILRRLKK DVEKSLPSKT ERILRVELSD VQTEYYKNIL TKNYSALTAG AKGGHFSLLN IMNELKKASN HPYLFDNAE ERVLQKFGDG KMTRENVLRG LIMSSGKMVL LDQLLTRLKK DGHRVLIFSQ M VRMLDILG DYLSIKGINF QRLDGTVPSA QRRISIDHFN SPDSNDFVFL LSTRAGGLGI NL MTADTVV IFDSDWNPQA DLQAMARAHR IGQKNHVMVY RLVSKDTVEE EVLERARKKM ILE YAIISL GVTDGNKYTK KNEPNAGELS AILKFGAGNM FTATDNQKKL EDLNLDDVLN HAED HVTTP DLGESHLGGE EFLKQFEVTD YKADIDWDDI IPEEELKKLQ DEEQKRKDEE YVKEQ LEMM NRRDNALKKI KNSVNGDGTA ANSDSDDDST SRSSRRRARA NDMDSIGESE VRALYK AIL KFGNLKEILD ELIADGTLPV KSFEKYGETY DEMMEAAKDC VHEEEKNRKE ILEKLEK HA TAYRAKLKSG EIKAENQPKD NPLTRLSLKK REKKAVLFNF KGVKSLNAES LLSRVEDL K YLKNLINSNY KDDPLKFSLG NNTPKPVQNW SSNWTKEEDE KLLIGVFKYG YGSWTQIRD DPFLGITDKI FLNEVHNPVA KKSASSSDTT PTPSKKGKGI TGSSKKVPGA IHLGRRVDYL LSFLRGGLN TKSPSADIGS KKLPTGPSKK RQRKPANHSK SMTPEI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
50.0 mMNaClSodium Chloride

詳細: Solutions were made fresh.
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Grids are double side blotted with 2sec blotting time and blotting force 10.
詳細This sample was monodisperse. One Chd1 molecule bound to one Nucleosome.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
詳細Preliminary grid screen was done manually and then data collection was performed automatically using EMTools-EMMenu
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 140 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 22.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 68000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 68000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

詳細Images were manually inspected for any contamination or damage.
粒子像選択選択した数: 47000
詳細: Initial template for autopicking is made from manually picked particles. Then RELION-1.3 autopick routine was used for autopicking
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1kx5


詳細: Nucleosome structure 1KX5 was converted into map of pixel size 1.58, low pass filtered and used as initial model.
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 36324
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / Projection matching processing - Merit function: CC
Projection matching processing - Angular sampling: 7.5 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 17000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1kx5

chain_id: A, B, C, D, E, F, G, H, I, J

3mwy

chain_id: A, residue_range: 175-932

2xb0

chain_id: X, residue_range: 1010-1274
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 2800
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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