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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9689 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of empty Echovirus 6 particle at PH 7.4 | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of empty Echovirus 6 particle at PH 7.4 | |||||||||
試料 |
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キーワード | VIRUS | |||||||||
生物種 | Echovirus E6 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao GF / Liu S | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Human Neonatal Fc Receptor Is the Cellular Uncoating Receptor for Enterovirus B. 著者: Xin Zhao / Guigen Zhang / Sheng Liu / Xiangpeng Chen / Ruchao Peng / Lianpan Dai / Xiao Qu / Shihua Li / Hao Song / Zhengrong Gao / Pengfei Yuan / Zhiheng Liu / Changyao Li / Zifang Shang / ...著者: Xin Zhao / Guigen Zhang / Sheng Liu / Xiangpeng Chen / Ruchao Peng / Lianpan Dai / Xiao Qu / Shihua Li / Hao Song / Zhengrong Gao / Pengfei Yuan / Zhiheng Liu / Changyao Li / Zifang Shang / Yan Li / Meifan Zhang / Jianxun Qi / Han Wang / Ning Du / Yan Wu / Yuhai Bi / Shan Gao / Yi Shi / Jinghua Yan / Yong Zhang / Zhengde Xie / Wensheng Wei / George F Gao / 要旨: Enterovirus B (EV-B), a major proportion of the genus Enterovirus in the family Picornaviridae, is the causative agent of severe human infectious diseases. Although cellular receptors for ...Enterovirus B (EV-B), a major proportion of the genus Enterovirus in the family Picornaviridae, is the causative agent of severe human infectious diseases. Although cellular receptors for coxsackievirus B in EV-B have been identified, receptors mediating virus entry, especially the uncoating process of echovirus and other EV-B remain obscure. Here, we found that human neonatal Fc receptor (FcRn) is the uncoating receptor for major EV-B. FcRn binds to the virus particles in the "canyon" through its FCGRT subunit. By obtaining multiple cryo-electron microscopy structures at different stages of virus entry at atomic or near-atomic resolution, we deciphered the underlying mechanisms of enterovirus attachment and uncoating. These structures revealed that different from the attachment receptor CD55, binding of FcRn to the virions induces efficient release of "pocket factor" under acidic conditions and initiates the conformational changes in viral particle, providing a structural basis for understanding the mechanisms of enterovirus entry. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9689.map.gz | 27.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9689-v30.xml emd-9689.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9689_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9689.png | 185.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9689.cif.gz | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9689 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9689 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9689_validation.pdf.gz | 542.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9689_full_validation.pdf.gz | 541.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9689_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9689_validation.cif.gz | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9689 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9689 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6iloMC 9684C 9685C 9686C 9687C 9688C 9690C 6iljC 6ilkC 6illC 6ilmC 6ilnC 6ilpC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9689.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of empty Echovirus 6 particle at PH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Echovirus E6
全体 | 名称: Echovirus E6 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Echovirus E6
超分子 | 名称: Echovirus E6 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12062 / 生物種: Echovirus E6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Echovirus E6 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.276416 KDa |
配列 | 文字列: HVRSESSVEN FLSRSACVYI VEYKTRDDTP DKMYDSWVIN TRQVAQLRRK LEFFTYVRFD VEVTFVITSV QDDSTRQNTD TPALTHQIM YVPPGGPIPQ AVDDYNWQTS TNPSVFWTEG NAPPRMSIPF MSVGNAYSNF YDGWSHFSQT GVYGFNTLNN M GKLYFRHV ...文字列: HVRSESSVEN FLSRSACVYI VEYKTRDDTP DKMYDSWVIN TRQVAQLRRK LEFFTYVRFD VEVTFVITSV QDDSTRQNTD TPALTHQIM YVPPGGPIPQ AVDDYNWQTS TNPSVFWTEG NAPPRMSIPF MSVGNAYSNF YDGWSHFSQT GVYGFNTLNN M GKLYFRHV NDKTISPITS KVRIYFKPKH VKAWVPRPPR LCEYTHKDNV DFEPKGVTTS RTQLTISNS |
-分子 #2: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Echovirus E6 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.727164 KDa |
配列 | 文字列: SDRVRSITLG NSTITTQESA NVVVGYGVWP DYLSDEEATA EDQPTQPDVA TCRFYTLDSV SWMKESQGWW WKFPDALRDM GLFGQNMQY HYLGRSGYTI HVQCNASKFH QGCLLVVCVP EAEMGAANIN EKINREHLSN GEVANTFSGT KSSNTNDVQQ A VFNAGMGV ...文字列: SDRVRSITLG NSTITTQESA NVVVGYGVWP DYLSDEEATA EDQPTQPDVA TCRFYTLDSV SWMKESQGWW WKFPDALRDM GLFGQNMQY HYLGRSGYTI HVQCNASKFH QGCLLVVCVP EAEMGAANIN EKINREHLSN GEVANTFSGT KSSNTNDVQQ A VFNAGMGV AVGNLTIFPH QWINLRTNNC ATIVMPYINS VPMDNMFRHY NFTLMIIPFA KLDYAAGSST YIPITVTVAP MC AEYNGLR LG |
-分子 #3: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Echovirus E6 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.843299 KDa |
配列 | 文字列: GLPVMNTPGS NQFLTSDDYQ SPTAMPQFDV TPEMNIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVNNVNE NVNSLEAYRI PVHSVTETGA QVFGFTLQP GADTVMERTL LGEILNYYAN WSGSIKLTFM YCGSAMATGK FLLAYSPPGA GVPKNRREAM LGTHIIWDIG L QSSCVLCV ...文字列: GLPVMNTPGS NQFLTSDDYQ SPTAMPQFDV TPEMNIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVNNVNE NVNSLEAYRI PVHSVTETGA QVFGFTLQP GADTVMERTL LGEILNYYAN WSGSIKLTFM YCGSAMATGK FLLAYSPPGA GVPKNRREAM LGTHIIWDIG L QSSCVLCV PWISQTHYRF VSKDSYTDAG FITCWYQTSI VVPAEVQNQS VILCFVSACN DFSVRLLRDS PFVRQT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6ilo: |