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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eg7 | ||||||
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タイトル | TFIID-based core PIC on SCP promoter | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / TFIID / preinitiation complex / core promoter / transcription initiation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex ...spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / positive regulation of core promoter binding / meiotic sister chromatid cohesion / RNA polymerase II core complex assembly / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / phosphatase activator activity / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / hepatocyte differentiation / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription factor TFIIF complex / positive regulation of response to cytokine stimulus / maintenance of protein location in nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / positive regulation of androgen receptor activity / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / male pronucleus / female pronucleus / positive regulation by host of viral transcription / transcription regulator inhibitor activity / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / germinal vesicle / nuclear vitamin D receptor binding / RNA polymerase binding / SAGA complex / limb development / transcription preinitiation complex / regulation of fat cell differentiation / RNA Polymerase I Transcription Termination / FGFR2 alternative splicing / box C/D snoRNP assembly / nuclear thyroid hormone receptor binding / Viral Messenger RNA Synthesis / inner cell mass cell proliferation / response to L-glutamate / cellular response to ATP / Signaling by FGFR2 IIIa TM / midbrain development / histone acetyltransferase binding / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / cell division site / protein acetylation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, X. / Qi, Y. / Hou, H. / Wang, X. / Wu, Z. / Li, J. / Xu, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Structural insights into preinitiation complex assembly on core promoters. 著者: Xizi Chen / Yilun Qi / Zihan Wu / Xinxin Wang / Jiabei Li / Dan Zhao / Haifeng Hou / Yan Li / Zishuo Yu / Weida Liu / Mo Wang / Yulei Ren / Ze Li / Huirong Yang / Yanhui Xu / 要旨: Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the ...Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the structures of human TFIID-based PIC in three stepwise assembly states and revealed two-track PIC assembly: stepwise promoter deposition to Pol II and extensive modular reorganization on track I (on TATA-TFIID-binding element promoters) versus direct promoter deposition on track II (on TATA-only and TATA-less promoters). The two tracks converge at an ~50-subunit holo PIC in identical conformation, whereby TFIID stabilizes PIC organization and supports loading of cyclin-dependent kinase (CDK)-activating kinase (CAK) onto Pol II and CAK-mediated phosphorylation of the Pol II carboxyl-terminal domain. Unexpectedly, TBP of TFIID similarly bends TATA box and TATA-less promoters in PIC. Our study provides structural visualization of stepwise PIC assembly on highly diversified promoters. | ||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 7eg7.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eg7.ent.gz | 1.5 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eg7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 7eg7_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7eg7_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7eg7_validation.xml.gz | 209.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7eg7_validation.cif.gz | 347 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/7eg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/7eg7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31107MC 7edxC 7eg8C 7eg9C 7egaC 7egbC 7egcC 7egdC 7egeC 7egfC 7eggC 7eghC 7egiC 7egjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Transcription initiation factor TFIID subunit ... , 13種, 19分子 ABDdEeFfGHIiJjLlckm
#1: タンパク質 | 分子量: 212956.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||||||||||||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 137159.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF2, CIF150, TAF2B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1X5 | ||||||||||||||||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 110221.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF4, TAF2C, TAF2C1, TAF4A, TAFII130, TAFII135 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00268 #4: タンパク質 | 分子量: 86932.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF5, TAF2D / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15542 #5: タンパク質 | 分子量: 72749.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF6, TAF2E, TAFII70 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49848 #6: タンパク質 | | 分子量: 40325.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF7, TAF2F, TAFII55 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15545 #7: タンパク質 | | 分子量: 34304.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF8, TAFII43, TBN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7C8 #8: タンパク質 | 分子量: 29006.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF9, TAF2G, TAFII31 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16594 #9: タンパク質 | 分子量: 21731.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF10, TAF2A, TAF2H, TAFII30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12962 #10: タンパク質 | 分子量: 17948.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF12, TAF15, TAF2J, TAFII20 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16514 #19: タンパク質 | | 分子量: 103769.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5VWG9 #20: タンパク質 | | 分子量: 23340.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF11, TAF2I, PRO2134 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15544 #21: タンパク質 | | 分子量: 14307.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF13, TAF2K, TAFII18 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15543 |
-Transcription initiation factor IIA subunit ... , 2種, 2分子 OQ
#11: タンパク質 | 分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52657 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 41544.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A1, TF2A1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52655 |
-タンパク質 , 6種, 6分子 PRoxyz
#12: タンパク質 | 分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20226 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2B, TF2B, TFIIB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00403, histone acetyltransferase |
#22: タンパク質 | 分子量: 217420.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) |
#30: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) |
#31: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25 |
#32: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TRS6 |
-General transcription factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 ST
#15: タンパク質 | 分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F1, RAP74 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35269 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F2, RAP30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13984, DNA helicase |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#17: DNA鎖 | 分子量: 24509.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#18: DNA鎖 | 分子量: 24224.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-DNA-directed RNA ... , 8種, 8分子 pqrstvwu
#23: タンパク質 | 分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TVZ5, DNA-directed RNA polymerase |
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#24: タンパク質 | 分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3 |
#25: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A481BYI6 |
#26: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7 |
#27: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VEK9 |
#28: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2 |
#29: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899 |
#33: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7 |
-非ポリマー , 2種, 10分子
#34: 化合物 | ChemComp-ZN / #35: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72012 / 対称性のタイプ: POINT |