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- PDB-7b1s: Crystal structure of the ethyl-coenzyme M reductase from Candidat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b1s
タイトルCrystal structure of the ethyl-coenzyme M reductase from Candidatus Ethanoperedens thermophilum at 0.994-A resolution
要素(Ethyl-Coenzyme M reductase ...) x 3
キーワードTRANSFERASE / Ethyl-CoM reductase / Methyl-CoM reductase / ethane-oxidizers / F430-cofactor / post-translational modification / gas channel / coenzyme M / coenzyme B / true atomic resolution / thermophile / archaea.
機能・相同性1-THIOETHANESULFONIC ACID / : / : / Coenzyme B / Dimethylated-F430 cofactor / Chem-UUT
機能・相同性情報
生物種Candidatus Ethanoperedens thermophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.992 Å
データ登録者Wagner, T. / Lemaire, O.N. / Engilberge, S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC-2077 390741603 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of a key enzyme for anaerobic ethane activation.
著者: Hahn, C.J. / Lemaire, O.N. / Kahnt, J. / Engilberge, S. / Wegener, G. / Wagner, T.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethyl-Coenzyme M reductase alpha subunit
B: Ethyl-Coenzyme M reductase beta subunit
C: Ethyl-Coenzyme M reductase gamma subunit
D: Ethyl-Coenzyme M reductase alpha subunit
E: Ethyl-Coenzyme M reductase beta subunit
F: Ethyl-Coenzyme M reductase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,85731
ポリマ－293,5956
非ポリマー4,26225
水55,5943086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area62500 Å2
ΔGint-307 kcal/mol
Surface area61010 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)83.736, 146.927, 113.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Ethyl-Coenzyme M reductase ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Ethyl-Coenzyme M reductase alpha subunit


分子量: 66344.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Seven post-translational modifications exist in this subunit: N1-methylhistidine291 5(S)-methylarginine305 S-methylcysteine354 3-methylisoleucine377 2(S)-methylglutamine445 Thioglycine490 N2-methylhistidine491
由来: (天然) Candidatus Ethanoperedens thermophilum (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: Enrichment culture / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#2: タンパク質 Ethyl-Coenzyme M reductase beta subunit


分子量: 49874.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candidatus Ethanoperedens thermophilum (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: Enrichment culture / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質 Ethyl-Coenzyme M reductase gamma subunit


分子量: 30578.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candidatus Ethanoperedens thermophilum (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: Enrichment culture / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

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非ポリマー , 10種, 3111分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン


分子量: 343.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-USN / Dimethylated-F430 cofactor


分子量: 934.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H55N6NiO13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸


分子量: 142.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-UUT / (2S)-2-{[(2S)-2-{[(2S)-2-hydroxypropyl]oxy}propyl]oxy}propan-1-ol / (2~{S})-2-[(2~{S})-2-[(2~{S})-2-oxidanylpropoxy]propoxy]propan-1-ol


分子量: 192.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O4
詳細: Pentaerythritol propoxylate, a crystallization agent, is likely the source of the fragment modeled.
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3086 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 % / 解説: Yellow brick of 250 um long.
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystals were obtained by initial screening at 20 degree celsius using the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization ...詳細: Crystals were obtained by initial screening at 20 degree celsius using the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization reservoir contained 90 ul of mother liquor, crystallization drop contained a mixture of 0.6 ul protein at 16.22 mg.ml-1 and 0.6 ul precipitant. The crystal was obtained by initial screening using the JBScreen Pentaerythritol screen from Jena Bioscience in a Coy tent under an N2/H2 atmosphere (95:5 %). The crystallization reservoir contained 45 % (w/v) Pentaerythritol Propoxylate (5/4 PO/OH), 100 mM Tris pH 8.5 and 400 mM potassium chloride.
PH範囲: 7.5 - 8.5 / Temp details: /

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.992→108.19 Å / Num. obs: 1061996 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 0.992→1.07 Å / Rmerge(I) obs: 1.167 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 53103 / CC1/2: 0.563 / Rpim(I) all: 0.476 / Rrim(I) all: 1.262 / % possible all: 58.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A8W

5a8w


解像度: 0.992→39.76 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 11.99 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement was performed with hydrogens in riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1275 52845 5.05 %
Rwork0.1119 992599 -
obs0.1127 1045444 73.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 49.64 Å2 / Biso mean: 10.6019 Å2 / Biso min: 3.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.992→39.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20525 0 261 3086 23872
Biso mean--10.52 23.51 -
残基数----2646
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
0.99-1.010.2339160.22433353511
1.01-1.020.2323920.2299170117934
1.02-1.030.23342550.22864571482610
1.03-1.040.24344720.22738198867018
1.04-1.060.2366370.2178119361257326
1.06-1.070.21928320.2066160671689936
1.07-1.090.21379850.2008201572114245
1.09-1.10.21412070.1977240272523453
1.1-1.120.211914880.1949282812976963
1.12-1.140.212316640.1895328603452473
1.14-1.160.205319860.181369763896282
1.16-1.180.199720730.1733397234179688
1.18-1.20.187521430.1693405124265590
1.2-1.230.187321980.158410434324191
1.23-1.250.164522350.1395411924342791
1.25-1.280.152222000.1293413964359692
1.28-1.310.147323280.1257416424397093
1.31-1.350.142622660.1154419814424793
1.35-1.390.133521870.1116421354432293
1.39-1.430.130723090.1052423114462094
1.43-1.490.118223590.0963423354469494
1.49-1.550.110523670.0896425834495095
1.55-1.620.108522490.0871429784522795
1.62-1.70.10222440.0843430924533696
1.7-1.810.100523030.0853433504565396
1.81-1.950.098422980.0863436524595097
1.95-2.140.094422180.084439494616797
2.14-2.450.095723310.0843441424647398
2.45-3.090.10423390.0957445224686198
3.09-39.760.118525640.1103449524751699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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