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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b1s | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the ethyl-coenzyme M reductase from Candidatus Ethanoperedens thermophilum at 0.994-A resolution | |||||||||
![]() | (Ethyl-Coenzyme M reductase ...) x 3 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Ethyl-CoM reductase / Methyl-CoM reductase / ethane-oxidizers / F430-cofactor / post-translational modification / gas channel / coenzyme M / coenzyme B / true atomic resolution / thermophile / archaea. | |||||||||
機能・相同性 | 1-THIOETHANESULFONIC ACID / : / : / Coenzyme B / Dimethylated-F430 cofactor / Chem-UUT![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wagner, T. / Lemaire, O.N. / Engilberge, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a key enzyme for anaerobic ethane activation. 著者: Hahn, C.J. / Lemaire, O.N. / Kahnt, J. / Engilberge, S. / Wegener, G. / Wagner, T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 975.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Ethyl-Coenzyme M reductase ... , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 66344.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: Seven post-translational modifications exist in this subunit: N1-methylhistidine291 5(S)-methylarginine305 S-methylcysteine354 3-methylisoleucine377 2(S)-methylglutamine445 Thioglycine490 N2-methylhistidine491 由来: (天然) ![]() 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: Enrichment culture / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase #2: タンパク質 | 分子量: 49874.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: Enrichment culture / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase #3: タンパク質 | 分子量: 30578.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: Enrichment culture / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase |
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-非ポリマー , 10種, 3111分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/TP7.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
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![](data/chem/img/USN.gif)
![](data/chem/img/COM.gif)
![](data/chem/img/UUT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/USN.gif)
![](data/chem/img/COM.gif)
![](data/chem/img/UUT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MN / | #7: 化合物 | ChemComp-K / #8: 化合物 | ChemComp-CL / #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 % / 解説: Yellow brick of 250 um long. |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Crystals were obtained by initial screening at 20 degree celsius using the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization ...詳細: Crystals were obtained by initial screening at 20 degree celsius using the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization reservoir contained 90 ul of mother liquor, crystallization drop contained a mixture of 0.6 ul protein at 16.22 mg.ml-1 and 0.6 ul precipitant. The crystal was obtained by initial screening using the JBScreen Pentaerythritol screen from Jena Bioscience in a Coy tent under an N2/H2 atmosphere (95:5 %). The crystallization reservoir contained 45 % (w/v) Pentaerythritol Propoxylate (5/4 PO/OH), 100 mM Tris pH 8.5 and 400 mM potassium chloride. PH範囲: 7.5 - 8.5 / Temp details: / |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.992→108.19 Å / Num. obs: 1061996 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 0.992→1.07 Å / Rmerge(I) obs: 1.167 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 53103 / CC1/2: 0.563 / Rpim(I) all: 0.476 / Rrim(I) all: 1.262 / % possible all: 58.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5A8W 解像度: 0.992→39.76 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 11.99 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: Refinement was performed with hydrogens in riding positions
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 49.64 Å2 / Biso mean: 10.6019 Å2 / Biso min: 3.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 0.992→39.76 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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