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- PDB-6xrh: Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with oxindol... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xrh | ||||||
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Title | Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with oxindolyl-L-alanine and D-glycerol-3-phosphate | ||||||
![]() | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
![]() | LYASE / multi-enzyme complex / allosteric enzyme product complex | ||||||
Function / homology | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Phillips, R.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis of the Stereochemistry of Inhibition of Tryptophan Synthase by Tryptophan and Derivatives. Authors: Phillips, R.S. / Harris, A.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 509.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 350.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6xncC ![]() 6xoyC ![]() 6xt0C ![]() 2tysS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Tryptophan synthase ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 28698.797 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A0D6FWC1, UniProt: P00929*PLUS, tryptophan synthase |
---|---|
#2: Protein | Mass: 42918.879 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: trpB / Production host: ![]() ![]() |
-Non-polymers , 6 types, 743 molecules ![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/1GP.gif)
![](data/chem/img/VCP.gif)
![](data/chem/img/VCS.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/1GP.gif)
![](data/chem/img/VCP.gif)
![](data/chem/img/VCS.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-DMS / #4: Chemical | ChemComp-1GP / | #5: Chemical | ChemComp-VCP / ( | #6: Chemical | ChemComp-VCS / | #7: Chemical | ChemComp-NA / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 0.05 M Bicine-Na, pH 7.8, 1 mM EDTA, 0.1 mM PLP, 1 mM DTT, and 1 mM spermine tetrahydrochloride, containing 10-12% PEG 3350 and 6-10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.436→45.85 Å / Num. obs: 75381 / % possible obs: 88.4 % / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 14.98 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 1.436→1.494 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.781 / Num. unique obs: 3768 / CC1/2: 0.33 / Rrim(I) all: 1.955 / % possible all: 47.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2TYS.pdb Resolution: 1.44→45.85 Å / SU ML: 0.1316 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.9892 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.44→45.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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