PDB-5tnl: Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tnl

タイトル

Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted (S)-1,2-Epoxyhexane hydrolysis intermediate

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

HYDROLASE / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 9件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI091699	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM113132	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM106394	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK097154	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM008704	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES002710	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES004699	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES024806	米国
Cystic Fibrosis Foundation	STANTO19R0	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase.
著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2016年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tnl.cif.gz	488.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tnl.ent.gz	402.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tnl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tnl_validation.pdf.gz	460.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tnl_full_validation.pdf.gz	467 KB	表示
XML形式データ	5tnl_validation.xml.gz	50.7 KB	表示
CIF形式データ	5tnl_validation.cif.gz	73.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tndC 5tneC 5tnfC 5tngC 5tnhC 5tniC 5tnjC 5tnkC 5tnmC 5tnnC 5tnpC 5tnqC 5tnrC 5tnsC 3kd2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dno-2 5hkb-1 4eus-1 5hk9-1 5tnm-1 5hk9-2 5tnh-2 4dno-1 3r40-d 5tnh-1 5tnm-2 3aio-3 4dmc-1 5tni-2 4yx9-1 5tnq-2 5tnp-1 5tnk-1 3ail-4 3kd2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.492, 83.789, 89.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-7FB / (2R)-hexane-1,2-diol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 864 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.999999 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→19.984 Å / Num. obs: 111128 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.74 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 19.19
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.73 % / R_merge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 6.34 / CC_1/2: 0.956 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS	Jan 10, 2014	データ削減
XDS	Jan 10, 2014	データスケーリング
PHENIX	(1.10_2155: ???)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 1.8→19.984 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1874	5565	5.01 %
R_work	0.1576	-	-
obs	0.1591	111123	98.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.984 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9482	0	28	864	10374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9963
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.798	13548
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.802	5880
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1391
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1785

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8204	0.2287	266	0.2014	3224	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8204-1.8418	10000000	0	0.1889	3651	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8418-1.8643	0.2252	277	0.1854	3396	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8643-1.8879	0.2265	281	0.1807	3396	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8879-1.9127	10000000	0	0.1645	3680	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9127-1.9389	0.188	277	0.1526	3364	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9389-1.9666	0.1824	278	0.1536	3406	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9666-1.9959	10000000	0	0.161	3709	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9959-2.027	0.217	278	0.1621	3377	X-RAY DIFFRACTION	98
2.027-2.0602	0.2093	280	0.1625	3394	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0602-2.0957	10000000	0	0.1621	3713	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0957-2.1338	0.19	280	0.1602	3437	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1338-2.1748	0.1894	276	0.1559	3382	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1748-2.2191	10000000	0	0.1595	3709	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2191-2.2673	0.1912	281	0.1517	3422	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2673-2.32	0.186	275	0.1571	3432	X-RAY DIFFRACTION	98
2.32-2.3779	10000000	0	0.1562	3737	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3779-2.4421	0.2089	277	0.1683	3426	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4421-2.5138	0.2159	282	0.1775	3431	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5138-2.5948	10000000	0	0.1728	3713	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5948-2.6873	0.204	277	0.1681	3455	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6873-2.7946	0.2014	277	0.1624	3451	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7946-2.9215	10000000	0	0.1654	3710	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9215-3.075	0.1993	277	0.1733	3451	X-RAY DIFFRACTION	99
3.075-3.2668	0.1942	277	0.1654	3427	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2668-3.5178	10000000	0	0.1487	3779	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5178-3.8695	0.148	283	0.1432	3461	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8695-4.4242	0.1464	282	0.1345	3480	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4242-5.5541	10000000	0	0.1311	3777	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5541-19.985	0.1749	284	0.1581	3568	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.762	0.0626	0.0403	0.8354	0.0121	0.732	0.0192	-0.0772	-0.0856	0.0536	-0.0317	0.0412	0.0814	-0.0234	0.01	0.0887	0.0047	-0.0105	0.1039	0.0046	0.0578	-22.0187	12.4439	27.3054
2	0.9713	-0.2551	-0.0272	1.1119	-0.1493	0.5852	-0.0112	0.0187	0.1367	-0.0492	0.0187	0.0636	-0.0813	-0.0308	0.002	0.0919	0.0192	-0.0361	0.0943	0.0013	0.0942	-31.0887	51.745	15.6782
3	0.7658	0.0321	0.0366	0.9569	0.1203	0.7402	0.0145	-0.0419	0.1252	0.0401	-0.0342	-0.0674	-0.0958	0.0281	0.0193	0.0946	0.0049	-0.0087	0.1026	0.0018	0.0923	5.746	44.6282	27.2368
4	0.919	-0.2733	-0.0952	0.9445	0.1586	0.5401	0.0203	0.0247	-0.0536	-0.0247	-0.0068	-0.0941	0.0553	0.0207	-0.0127	0.0967	0.023	-0.0042	0.1054	-0.0028	0.0595	14.8603	5.2364	15.7321

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 25:320 )	A	25 - 320
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 25:325 )	B	25 - 325
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 25:325 )	C	25 - 325
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 25:325 )	D	25 - 325

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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