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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4y5g | ||||||
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タイトル | Endothiapepsin in complex with fragment 272 | ||||||
![]() | Endothiapepsin | ||||||
![]() | HYDROLASE / fragment screening / aspartic protease / inhibition | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, X. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library 著者: Wang, X. / Heine, A. / Klebe, G. #1: ![]() タイトル: A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes. 著者: Koester, H. / Craan, T. / Brass, S. / Herhaus, C. / Zentgraf, M. / Neumann, L. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 194 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 286分子 ![](data/chem/img/47U.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-47U / |
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#5: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.61 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000. crystals obtained by streak-seeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918409 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.47→42.759 Å / Num. obs: 51878 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.47→1.56 Å / 冗長度: 2.31 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 91.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3PCW 解像度: 1.47→42.759 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.47→42.759 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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