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- PDB-4u6q: CtBP1 bound to inhibitor 2-(hydroxyimino)-3-phenylpropanoic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u6q
タイトルCtBP1 bound to inhibitor 2-(hydroxyimino)-3-phenylpropanoic acid
要素C-terminal-binding protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossman fold / transcription regulator / cancer / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by TCF7L2 mutants / Repression of WNT target genes / synaptic vesicle clustering / presynaptic active zone cytoplasmic component / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / lncRNA binding / white fat cell differentiation / synaptic vesicle endocytosis / Notch signaling pathway ...Signaling by TCF7L2 mutants / Repression of WNT target genes / synaptic vesicle clustering / presynaptic active zone cytoplasmic component / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / lncRNA binding / white fat cell differentiation / synaptic vesicle endocytosis / Notch signaling pathway / transcription repressor complex / SUMOylation of transcription cofactors / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / viral genome replication / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / GABA-ergic synapse / NAD binding / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / protein phosphorylation / regulation of cell cycle / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
C-terminal binding protein / : / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain ...C-terminal binding protein / : / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E)-2-(hydroxyimino)-3-phenylpropanoic acid / FORMIC ACID / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / C-terminal-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hilbert, B.J. / Morris, B.L. / Ellis, K.C. / Paulsen, J.L. / Schiffer, C.A. / Grossman, S.R. / Royer Jr., W.E.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure-Guided Design of a High Affinity Inhibitor to Human CtBP.
著者: Hilbert, B.J. / Morris, B.L. / Ellis, K.C. / Paulsen, J.L. / Schiffer, C.A. / Grossman, S.R. / Royer, W.E.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-terminal-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0705
ポリマ－38,1391
非ポリマー9314
水3,153175
1
A: C-terminal-binding protein 1
ヘテロ分子

A: C-terminal-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,14010
ポリマ－76,2792
非ポリマー1,8618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/31
Buried area8510 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area24340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.000, 84.000, 159.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-539-

HOH

21A-540-

HOH

31A-571-

HOH

41A-572-

HOH

51A-573-

HOH

61A-574-

HOH

71A-671-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 C-terminal-binding protein 1 / CtBP1


分子量: 38139.469 Da / 分子数: 1 / 断片: NAD nucleotide binding residues 28-353 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTBP1, CTBP / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / Variant (発現宿主): RIL+
参照: UniProt: Q13363, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

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非ポリマー , 5種, 179分子

#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物 ChemComp-3CR / (2E)-2-(hydroxyimino)-3-phenylpropanoic acid


分子量: 179.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9NO3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 % / 解説: bi-pyramidal crystal
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 75 mM CaCl2, 100 mM Hepes pH 7.5, and 1 mM NADH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 15487 / Num. obs: 15450 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 39.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 5.48 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LCE

4lce


解像度: 2.3→30 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 771 4.99 %Random selection
Rwork0.2042 ---
obs0.2063 15450 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2444 0 61 175 2680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8363475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.214917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003447
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.44290.29181250.24762382X-RAY DIFFRACTION100
2.4429-2.63140.27441130.24242401X-RAY DIFFRACTION100
2.6314-2.8960.29731410.23562385X-RAY DIFFRACTION100
2.896-3.31460.32811290.21782412X-RAY DIFFRACTION100
3.3146-4.17430.20291270.18342464X-RAY DIFFRACTION100
4.1743-30.02090.21921360.18952635X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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