PDB-2ome: Crystal structure of human CTBP2 dehydrogenase complexed with NAD(H)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ome

タイトル

Crystal structure of human CTBP2 dehydrogenase complexed with NAD(H)

要素

C-terminal-binding protein 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / C-TERMINAL BINDING PROTEIN / CTBP2 / DEHYDROGENASE / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / Signaling by TCF7L2 mutants / Repression of WNT target genes / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / white fat cell differentiation / transcription repressor complex / viral genome replication / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Pilka, E.S. / Guo, K. / Rojkova, A. / Debreczeni, J.E. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Sundstrom, M. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human CTBP2 dehydrogenase complexed with NAD(H)
著者: Pilka, E.S. / Guo, K. / Rojkova, A. / Debreczeni, J.E. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Oppermann, U.

履歴

登録	2007年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ome.cif.gz	492.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ome.ent.gz	406.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ome.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/2ome ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/2ome	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hl3S 1mx3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6v8a-1 4u6q-1 1hku-1 3pzr-2 1qp8-d 4ebf-2 2d0i-2 1t4d-2 2dbr-3 6cdr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-terminal-binding protein 2

B: C-terminal-binding protein 2

C: C-terminal-binding protein 2

D: C-terminal-binding protein 2

E: C-terminal-binding protein 2

F: C-terminal-binding protein 2

G: C-terminal-binding protein 2

H: C-terminal-binding protein 2

ヘテロ分子

304 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-terminal-binding protein 2

B: C-terminal-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: C-terminal-binding protein 2

D: C-terminal-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: C-terminal-binding protein 2

F: C-terminal-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: C-terminal-binding protein 2

H: C-terminal-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.754, 141.574, 138.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 34 - 362 / Label seq-ID: 6 - 334

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H

#1: タンパク質	C-terminal-binding protein 2 / CtBP2 分子量: 37274.477 Da / 分子数: 8 / 断片: Residues 31-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTBP2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56545
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.74 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M KSCN, 0.1M BIS-TRIS PROPANE, 20% PEG3350, 10% ETHYLENE GLYCOL, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99991 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99991 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→43.31 Å / Num. obs: 84796 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.148 / R_sym value: 0.162 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.77→2.92 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.89 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345	345DTB	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 1MX3, 1HL3

1mx3

1hl3

解像度: 2.8→43.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 30.465 / SU ML: 0.3 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.378 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25736	4104	5 %	RANDOM
R_work	0.20733	-	-	-
obs	0.2098	78004	99.98 %	-
all	-	84796	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.724 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.63 Å²	0 Å²	-0.55 Å²
2-	-	-4.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20223	0	352	184	20759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	20977
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	13837
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.458	1.973	28515
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.116	3	33574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.348	5	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.744	23.508	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.854	15	3379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.542	15	188
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	3283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	23591
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4305
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	4159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	14266
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	10078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	11775
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.023	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.181	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.178	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.27	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.349	1.5	13575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.128	1.5	5390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.548	2	20924
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.253	3	8470
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.014	4.5	7591
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1930	tight positional	0.04	0.05
2	B	1930	tight positional	0.04	0.05
3	C	1930	tight positional	0.04	0.05
4	D	1930	tight positional	0.04	0.05
5	E	1930	tight positional	0.04	0.05
6	F	1930	tight positional	0.04	0.05
7	G	1930	tight positional	0.03	0.05
8	H	1930	tight positional	0.04	0.05
1	A	2050	loose positional	0.4	5
2	B	2050	loose positional	0.37	5
3	C	2050	loose positional	0.39	5
4	D	2050	loose positional	0.45	5
5	E	2050	loose positional	0.51	5
6	F	2050	loose positional	0.4	5
7	G	2050	loose positional	0.47	5
8	H	2050	loose positional	0.42	5
1	A	1930	tight thermal	0.07	0.5
2	B	1930	tight thermal	0.07	0.5
3	C	1930	tight thermal	0.08	0.5
4	D	1930	tight thermal	0.07	0.5
5	E	1930	tight thermal	0.06	0.5
6	F	1930	tight thermal	0.07	0.5
7	G	1930	tight thermal	0.06	0.5
8	H	1930	tight thermal	0.07	0.5
1	A	2050	loose thermal	1.23	10
2	B	2050	loose thermal	1.16	10
3	C	2050	loose thermal	1.11	10
4	D	2050	loose thermal	1.01	10
5	E	2050	loose thermal	1.14	10
6	F	2050	loose thermal	1.08	10
7	G	2050	loose thermal	1.05	10
8	H	2050	loose thermal	1.06	10

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	298	-
R_work	0.361	5765	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2218	0.4041	-0.1077	3.4584	-0.6024	1.6492	0.1284	0.1556	-0.3536	-0.4701	-0.1088	0.2122	0.2852	0.1155	-0.0196	-0.1701	0.0778	-0.2226	-0.1656	-0.1082	-0.0942	15.525	-3.5471	5.2843
2	1.5598	-0.5827	-0.5366	2.7668	0.5926	2.1457	0.253	0.2205	0.2951	-0.4782	-0.0566	-0.466	-0.3931	0.3094	-0.1964	-0.1784	-0.0076	0.0327	-0.058	-0.0437	-0.1626	32.1865	27.7267	6.9872
3	1.5388	0.513	0.4424	3.3065	0.564	1.4577	-0.032	-0.0899	-0.0585	0.3652	-0.1072	0.4182	-0.2301	-0.0419	0.1392	-0.1343	0.068	-0.0124	-0.2394	-0.0098	-0.2701	10.2374	38.4504	35.2989
4	1.4804	0.3421	0.257	1.8088	0.5216	1.5408	-0.0559	-0.2185	-0.354	0.2975	-0.1423	0.8519	0.1522	-0.4137	0.1982	-0.1511	-0.0073	0.1554	-0.1283	-0.0569	0.3615	-7.6206	7.5268	32.1255
5	1.6382	0.4488	0.31	2.6596	0.401	1.3104	0.0973	-0.4086	0.3956	0.8789	-0.2255	1.2529	-0.0532	-0.3991	0.1282	0.134	-0.0296	0.4479	-0.0617	-0.0873	0.4669	3.0779	-28.3094	53.5182
6	1.0443	0.5653	0.2327	3.5448	1.1432	2.1079	0.2259	-0.016	0.1313	0.282	-0.1182	0.762	0.1945	-0.1163	-0.1077	-0.1371	-0.0082	0.0471	-0.2191	0.0708	-0.0524	11.8168	-59.1611	38.2784
7	2.6275	0.8143	-0.0785	3.4489	0.3194	1.889	-0.1475	0.0704	-0.8363	0.1622	0.047	-0.8612	0.4368	0.5415	0.1004	-0.1185	0.1163	0.0934	0.0354	0.0304	0.0584	47.472	-47.9929	38.4223
8	1.3617	-0.522	0.4036	4.6161	-0.236	1.6389	-0.0117	0.011	0.1897	0.6038	-0.1399	-0.2861	-0.2328	0.2213	0.1516	0.0124	-0.0605	-0.0434	-0.1073	0.0528	-0.3224	38.3738	-16.9758	52.5326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	33 - 362	5 - 334
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	33 - 362	5 - 334
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	33 - 362	5 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	33 - 362	5 - 334
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	33 - 362	5 - 334
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	33 - 362	5 - 334
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	33 - 362	5 - 334
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	33 - 362	5 - 334

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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