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- PDB-4e5n: Thermostable phosphite dehydrogenase in complex with NAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e5n
タイトルThermostable phosphite dehydrogenase in complex with NAD
要素Thermostable phosphite dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / D-2-hydroxyacid dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphonate dehydrogenase / phosphonate dehydrogenase activity / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Phosphonate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zou, Y. / Zhang, H. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of phosphite dehydrogenase provide insights into nicotinamide cofactor regeneration.
著者: Zou, Y. / Zhang, H. / Brunzelle, J.S. / Johannes, T.W. / Woodyer, R. / Hung, J.E. / Nair, N. / van der Donk, W.A. / Zhao, H. / Nair, S.K.
履歴
登録2012年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermostable phosphite dehydrogenase
B: Thermostable phosphite dehydrogenase
C: Thermostable phosphite dehydrogenase
D: Thermostable phosphite dehydrogenase
E: Thermostable phosphite dehydrogenase
F: Thermostable phosphite dehydrogenase
G: Thermostable phosphite dehydrogenase
H: Thermostable phosphite dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,63216
ポリマ－288,3248
非ポリマー5,3078
水44,2812458
1
A: Thermostable phosphite dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Thermostable phosphite dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4084
ポリマ－72,0812
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area25580 Å2
手法PISA
2
B: Thermostable phosphite dehydrogenase
H: Thermostable phosphite dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4084
ポリマ－72,0812
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area25190 Å2
手法PISA
3
D: Thermostable phosphite dehydrogenase
G: Thermostable phosphite dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4084
ポリマ－72,0812
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area25530 Å2
手法PISA
4
E: Thermostable phosphite dehydrogenase
ヘテロ分子

F: Thermostable phosphite dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4084
ポリマ－72,0812
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.710, 113.540, 130.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Thermostable phosphite dehydrogenase


分子量: 36040.520 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69054*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25-30% PEG 3350, 100 mM KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→80 Å / Num. obs: 270433 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 44707 / % possible all: 74.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Thermostable phosphite dehydrogenase E175A variant

解像度: 1.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.917 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24698 13623 5 %RANDOM
Rwork0.21016 ---
obs0.212 256745 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.973 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å2-0.23 Å2
2---1.33 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20133 0 352 2458 22943
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02220891
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1591.98928474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.252348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.37152622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54523.155935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.491153317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.60315208
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.23302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02115852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4811.513076
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.918220864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37437815
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2934.57610
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 701 -
Rwork0.301 13450 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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