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- PDB-5mh5: D-2-hydroxyacid dehydrogenases (D2-HDH) from Haloferax mediterran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mh5
タイトルD-2-hydroxyacid dehydrogenases (D2-HDH) from Haloferax mediterranei in complex with 2-keto-hexanoic acid and NADP+ (1.4 A resolution)
要素D-2-hydroxyacid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / D-2-hydroxyacid dehydrogenase / halophile / chiral specificity / reaction mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH binding / carboxylic acid binding / carboxylic acid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NADPH binding
類似検索 - 分子機能
: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-Ketohexanoic acid / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / D-2-hydroxyacid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax mediterranei ATCC 33500 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Bisson, C. / Baker, P.J. / Domenech Perez, J. / Pramanpol, N. / Harding, S.E. / Rice, D.W. / Ferrer, J.
資金援助 スペイン, 英国, 4件
組織認可番号国
University of AlicanteVIGROB046 スペイン
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
Wellcome Trust 英国
Wolfson Foundation 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Productive ternary complexes of D-2-hydroxyacid dehydrogenase provide insights into the chiral specificity of its reaction mechanism
著者: Domenech Perez, J. / Pramanpol, N. / Baker, P.J. / Bisson, C. / Harding, S.E. / Rice, D.W. / Ferrer, J.
履歴
登録2016年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年2月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
B: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,18629
ポリマ－66,7362
非ポリマー2,45027
水12,178676
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9670 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area24060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.530, 87.400, 66.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 D-2-hydroxyacid dehydrogenase / D2-HDH / D-specific 2-hydroxyacid dehydrogenase


分子量: 33367.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haloferax mediterranei ATCC 33500 (古細菌)
遺伝子: ddh, serA5, HFX_2024 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2VEQ7, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

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非ポリマー , 5種, 703分子

#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-7N5 / 2-Ketohexanoic acid / α-ケトカプロン酸


分子量: 130.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O3
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 % / 解説: Plates
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein buffer: 20 mM Tris-HCl pH8, 3 mM EDTA and 1 M NaCl Crystallisation condition: 0.1 M Tris-HCl pH8, 0.5 M magnesium acetate and 18 % PEG3350 Ligands: 5 mM NADP+ and 50 mM 2-keto-hexanoic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9507 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9507 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→52.51 Å / Num. obs: 132820 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 6288 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MH6

5mh6


解像度: 1.4→52.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.863 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16701 6675 5.1 %RANDOM
Rwork0.13587 ---
obs0.13746 125480 95.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.538 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å20.1 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---1.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→52.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4698 0 145 676 5519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195023
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5881.986879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.315310543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1985624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.91823.566244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.03515737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.891545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.5731.5572478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.5731.5572477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3112.3353095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.312.3363096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.5282.0372545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.4932.0322538
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.9632.8213766
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.94721.1965795
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.94621.1945796
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr12.36139605
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.8665428
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded27.57459759
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 443 -
Rwork0.273 8929 -
obs--91.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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