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- PDB-8qza: D-2-hydroxyacid dehydrogenase (D2-HDH) from Haloferax mediterrane... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qza
タイトルD-2-hydroxyacid dehydrogenase (D2-HDH) from Haloferax mediterranei apo-enzyme (2.25 A resolution)
要素D-2-hydroxyacid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / halophilic adaptation domain closure mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH binding / carboxylic acid binding / carboxylic acid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NADPH binding
類似検索 - 分子機能
: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-2-hydroxyacid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax mediterranei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.252 Å
データ登録者Baker, P.J. / Barrett, J.R. / Dakhil, A.A.A.B. / Domenech, J. / Bisson, C. / Pramanpol, N. / Sedelnikova, S.E. / Ferrer, J. / Rice, D.W.
資金援助 英国, スペイン, タイ, Libya, 5件
組織認可番号
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/1003703/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/D524975/1 英国
Other governmentGV05/166 スペイン
Other government タイ
Other governmentLibya
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: D-2-hydroxyacid dehydrogenase (D2-HDH) from Haloferax mediterranei in complex with 2-keto-hexanoic acid and NAD+ (1.16 A resolution)
著者: Domenech, J. / Pramanpol, N. / Bisson, C. / Sedelnikova, S.E. / Barrett, J.R. / Dakhil, A.A.A.B. / Abdelhameed, A.S. / Harding, S.E. / Rice, D.W. / Baker, P.J. / Ferrer, J.
履歴
登録2023年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
B: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9039
ポリマ-66,7362
非ポリマー1687
1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, also ultracentrifugation
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area25410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.352, 75.986, 74.589
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.991, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 308 / Label seq-ID: 1 - 308

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 D-2-hydroxyacid dehydrogenase


分子量: 33367.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax mediterranei (古細菌) / 遺伝子: ddh / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2VEQ7
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 % / 解説: blocks
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein Buffer: 20mM Tris/HCl pH 8.0 2mM EDTA 1M NaCl Crystallization condition: 0.1 M TRIS/HCl pH 8.0 0.5 M Magnesium acetate 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→29.45 Å / Num. obs: 32656 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 5.1 % / Num. unique obs: 2669 / CC1/2: 0.79 / Rpim(I) all: 0.42 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.252→29.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 16.083 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.227 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2512 1645 5.04 %
Rwork0.1899 30994 -
all0.193 --
obs-32639 98.774 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 65.302 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.65 Å20 Å21.126 Å2
2--2.006 Å20 Å2
3----0.508 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.252→29.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4698 0 7 70 4775
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0124804
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0164376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9391.6556560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7441.57310066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2195614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.921540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33910708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.23710234
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2916
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1680.24100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.22355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.22576
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1190.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.110.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1690.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1680.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.3745.2932462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.3745.2922462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.679.5053074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.6699.5083075
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.6455.7942342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.6445.7972343
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.16110.4333486
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.1610.4353487
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it13.86952.845048
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other13.88552.9095032
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1320.058755
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.131550.05007
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.131550.05007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.252-2.310.3311250.28219300.28524200.9190.94184.91740.264
2.31-2.3730.31410.25921960.26123390.9360.95499.91450.243
2.373-2.4410.2621150.2221630.22222780.9540.9681000.201
2.441-2.5160.2831190.22421460.22722660.9460.96899.95590.204
2.516-2.5980.27940.23720510.23921470.9510.96599.90680.213
2.598-2.6880.318910.22719970.23120900.9420.97199.90430.204
2.688-2.7890.292850.21119310.21420160.9410.9741000.183
2.789-2.9020.314940.20218310.20719270.9430.97799.89620.176
2.902-3.0290.2711060.1917850.19418910.9590.9781000.169
3.029-3.1760.247960.19616790.19917770.9490.97699.88750.175
3.176-3.3450.272760.20316240.20617020.9610.97699.88250.187
3.345-3.5450.315710.20415370.20916090.9450.9899.93790.194
3.545-3.7860.2850.18314410.18415260.9760.9861000.175
3.786-4.0840.23690.17813420.18114110.9710.9841000.173
4.084-4.4650.171530.1512780.15113310.9850.9871000.149
4.465-4.9780.229600.14311140.14711740.9670.9871000.145
4.978-5.7210.307510.17110040.17710590.9590.98299.62230.172
5.721-6.9410.245510.198530.1939050.9710.98399.88950.194
6.941-9.5540.199350.1486740.1517110.9740.98899.71870.164
9.554-29.450.228280.2144180.2154470.9660.97599.77630.238
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1708-0.1515-0.11820.03030.00060.03840.04140.20120.0835-0.0025-0.0499-0.0359-0.01110.04050.00850.0056-0.01210.0140.2045-0.0010.155321.23760.160716.2685
20.79750.16930.12730.0510.0420.0870.0268-0.0731-0.02570.0099-0.03010.0344-0.0118-0.06310.00330.043-0.01010.02190.1426-0.01660.1266-4.2414-6.218138.0431
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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