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万見
- PDB-8qzb: D-2-hydroxyacid dehydrogenase (D2HDH) from Haloferax mediterranei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qzb
タイトルD-2-hydroxyacid dehydrogenase (D2HDH) from Haloferax mediterranei in complex with 2-ketohexanoic acid, NAD+ and chloride (1.16 A resolution)
要素D-2-hydroxyacid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / complex halophilic adaptation substrate specificity mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH binding / carboxylic acid binding / carboxylic acid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NADPH binding
類似検索 - 分子機能
: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-Ketohexanoic acid / ACETATE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / D-2-hydroxyacid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax mediterranei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Baker, P.J. / Barrett, J.R. / Dakhil, A.A.A.B. / Domenech, J. / Bisson, C. / Pramanpol, N. / Ferrer, J. / Rice, D.W.
資金援助 英国, スペイン, タイ, Libya, 5件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/1003703/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/D524975/1 英国
Other governmentGV05/166 スペイン
Other government タイ
Other governmentLibya
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ternary complexes of Haloferax mediterranei D-2-hydroxyacid dehydrogenase provide insights into halophilicity and the chiral specificity of its reaction mechanism.
著者: Domenech, J. / Pramanpol, N. / Bisson, C. / Sedelnikova, S.E. / Barrett, J.R. / Dakhil, A.A.A.B. / Abdelhameed, A.S. / Harding, S.E. / Rice, D.W. / Baker, P.J. / Ferrer, J.
履歴
登録2023年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
B: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
C: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
D: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,79751
ポリマ－133,4724
非ポリマー4,32547
水29,1661619
1
A: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
B: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,95227
ポリマ－66,7362
非ポリマー2,21625
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10090 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area23740 Å2
手法PISA
2
C: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
D: D-2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,84424
ポリマ－66,7362
非ポリマー2,10922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9590 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area23570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.182, 74.777, 78.172
Angle α, β, γ (deg.)109.074, 107.882, 95.560
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
D-2-hydroxyacid dehydrogenase


分子量: 33367.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax mediterranei (古細菌) / 遺伝子: ddh / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2VEQ7

-
非ポリマー , 7種, 1666分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-7N5 / 2-Ketohexanoic acid / α-ケトカプロン酸


分子量: 130.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % / 解説: blocks
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein buffer: 20mM Tris/HCl pH 8.0 2mM EDTA 1M NaCl 50mM 2-ketohexanoic acid 5mM NAD+ Crystallisation conditions: 0.1M Tris/HCl pH 8.0 0.5M Magnesium acetate 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→46.633 Å / Num. obs: 427918 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.16→1.18 Å / 冗長度: 3.3 % / Num. unique obs: 18892 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.5 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.16→46.633 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / WRfactor Rfree: 0.15 / WRfactor Rwork: 0.122 / SU B: 1.258 / SU ML: 0.025 / Average fsc free: 0.9747 / Average fsc work: 0.9817 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1651 21342 4.988 %
Rwork0.1346 406541 -
all0.136 --
obs-427883 93.897 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.538 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.041 Å2-0.179 Å2-0.092 Å2
2--0.243 Å20.081 Å2
3----0.159 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→46.633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9396 0 266 1619 11281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01210069
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0169082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.66413816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7061.5820942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44851296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.294591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.06554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.192101468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg17.50910491
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.21925
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1720.28641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.25020
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0730.25062
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.21100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0520.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1980.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2770.228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2360.287
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.1151.4035006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.1111.4035005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.4232.5336265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.4222.5336266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.6451.7085063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other11.6441.7085064
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it14.9432.997520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.9422.997521
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it20.02220.98211694
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other18.12418.13911145
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.983319151
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.16-1.190.27614370.255272770.256337200.9440.9585.15420.247
1.19-1.2230.2516000.231282650.232328770.9520.9690.83860.225
1.223-1.2580.23315010.211278080.213319290.960.96791.79430.203
1.258-1.2970.21714220.198271670.199309880.9670.97292.25830.187
1.297-1.3390.21413520.183265710.185301060.9690.97792.7490.168
1.339-1.3860.20313070.172258460.174291260.9720.9893.2260.154
1.386-1.4390.18913140.147249190.149279960.9760.98593.70270.128
1.439-1.4970.17412520.132241410.134269780.9760.98994.12480.112
1.497-1.5640.15612350.112232660.114258860.9850.99294.64960.094
1.564-1.640.14911790.103223700.105247740.9860.99395.05530.086
1.64-1.7290.14110760.097214320.099235430.9880.99495.60380.081
1.729-1.8330.1410750.1203010.102222510.9880.99496.06760.085
1.833-1.960.14910370.107191270.109208990.9870.99396.48310.094
1.96-2.1160.1459630.109179360.11194870.9880.99396.98260.098
2.116-2.3180.1388510.104165890.106179020.9890.99497.41930.095
2.318-2.5910.1427320.11151410.111162210.9880.99397.85460.101
2.591-2.990.1546830.128133890.129143110.9840.9998.330.122
2.99-3.6580.1546040.136113120.137120640.9860.9998.77320.137
3.658-5.1570.144480.12888020.12993250.9890.99199.19570.139
5.157-46.6330.2072740.18248840.18351810.9780.98499.55610.198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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