PDB-2gcg: Ternary Crystal Structure of Human Glyoxylate Reductase/Hydroxypy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gcg

タイトル

Ternary Crystal Structure of Human Glyoxylate Reductase/Hydroxypyruvate Reductase

要素

Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NAD(P) Rossmann Fold / Formate/Glycerate Dehydrogenase Substrate-Binding Domain

機能・相同性

機能・相同性情報

dicarboxylic acid metabolic process / hydroxypyruvate reductase (NADPH) activity / hydroxypyruvate reductase / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / glyoxylate metabolic process / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / carboxylic acid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Booth, M.P.S. / Conners, R. / Rumsby, G. / Brady, R.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural basis of substrate specificity in human glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase
著者: Booth, M.P.S. / Conners, R. / Rumsby, G. / Brady, R.L.

履歴

登録	2006年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gcg.cif.gz	275.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gcg.ent.gz	223.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gcg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2gcg_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gcg_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	2gcg_validation.xml.gz	59.6 KB	表示
CIF形式データ	2gcg_validation.cif.gz	81.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/2gcg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/2gcg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wwrC 1gdhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2h1s-2 4e5n-4 2q50-2 4nu6-d 3baz-1 4ebf-1 4nu5-d 6v8a-1 4e5p-3 4ebf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

B: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

C: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

D: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

B: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

D: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.568, 66.877, 149.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Biological unit is a dimer, 2 dimers are present in the asymmetric unit (A,B and C,D).

#1: タンパク質	Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase 分子量: 35869.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTrcHisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBQ7, glyoxylate reductase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-DGY / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPANOIC ACID / D-グリセリン酸分子量: 106.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₄
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月29日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 69070 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Χ²: 1.059 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 72.3 % / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.275 / Num. unique obs: 5483 / Χ²: 0.577 / % possible all: 72.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER	V. 1.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GDH

1gdh

解像度: 2.2→46.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.866 / SU B: 13.529 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.282	3460	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
all	0.205	-	-	-
obs	0.205	69056	90.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.362 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	-1.68 Å²
2-	-	-1.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9859	0	231	611	10701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	10275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.857	2.008	13994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.888	5	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.513	23.632	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.406	15	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.106	15	82
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	4977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	6815
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	618
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.174	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.706	1.5	6671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.128	2	10370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.035	3	4088
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.932	4.5	3624

LS精密化シェル

解像度: 2.198→2.255 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	203	-
R_work	0.212	3530	-
obs	-	3733	65.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.162	0.1027	-2.4872	4.1656	0.2155	4.4444	0.1429	-0.9543	0.297	0.5247	-0.1851	0.3123	-0.0445	0.3371	0.0422	0.0189	0.0192	0.0352	0.1709	-0.0089	0.0736	17.3811	8.4781	13.6789
2	5.7005	-0.5704	-1.7893	4.2297	-0.0237	1.9443	-0.1308	-0.4884	-0.4527	0.1576	0.0634	-0.0748	-0.0249	0.4195	0.0674	-0.027	0.0318	0.0343	0.1068	0.0523	-0.0246	24.0497	1.1544	8.3951
3	0.7853	0.4419	-0.2911	3.8385	-1.3572	1.3114	-0.0137	-0.0033	-0.1416	-0.0276	0.0156	0.2054	0.0703	-0.077	-0.0019	-0.0508	-0.0044	-0.0218	0.0344	-0.0142	0.104	14.163	7.3018	-3.3926
4	2.661	-0.0743	-0.8745	0.6877	0.521	1.0086	0.1434	0.1261	-0.2532	-0.1782	0.0498	-0.0426	0.0483	0.044	-0.1932	0.0617	0.0082	0.0127	0.0878	-0.0157	0.0272	33.7601	32.1185	-26.0884
5	1.396	-0.0748	-0.7098	2.0109	-0.41	0.4609	0.0239	0.0734	-0.0142	-0.1343	-0.035	0.4512	-0.1605	-0.0349	0.0111	0.0253	-0.0584	-0.0407	0.1023	-0.0053	0.1309	7.8965	22.5622	-18.9114
6	0.0952	0.1216	-0.7664	12.3641	-3.8684	6.8509	-0.0101	0.1155	0.2597	-0.7867	0.1864	0.7843	0.3422	-0.6211	-0.1763	0.0075	-0.0371	-0.0467	0.2478	0.0277	0.1157	6.0569	23.2982	-21.9518
7	1.8585	-3.4615	-2.2298	9.097	0.4136	7.9522	-0.2781	0.0276	0.2674	-0.447	0.2352	0.5592	0.6285	-0.7344	0.0429	0.0602	-0.1497	-0.1426	0.242	0.0167	0.2142	0.7144	18.7867	-23.102
8	3.3357	0.6565	1.1599	2.3138	-1.6374	1.9966	-0.2379	0.2747	-0.4341	-0.3174	0.1726	0.031	0.5206	-0.348	0.0653	0.1191	-0.077	0.0151	0.0317	-0.072	0.0514	13.8303	11.7277	-26.5051
9	4.2407	-0.4063	0.9988	2.4062	-0.6944	1.9839	-0.179	0.1676	-0.2382	-0.3208	0.0348	-0.1708	0.345	0.146	0.1442	0.1277	0.0062	0.0465	-0.0276	-0.0105	0.017	24.9328	11.3247	-21.9943
10	1.1704	0.1123	-0.3981	0.6814	-0.2723	0.5938	-0.0681	-0.1473	0.0291	-0.0105	0.0103	0.2441	-0.0415	-0.0572	0.0577	0.0102	0.0289	0.0531	0.094	0.0004	0.1093	11.5839	13.0889	3.1864
11	4.1386	-0.4705	2.0774	2.7053	-0.9297	1.9732	0.2254	0.506	0.0804	-0.1221	-0.2183	0.1447	-0.0137	0.2277	-0.0071	0.0388	0.0669	0.058	0.2102	0.0218	-0.0121	31.2885	46.1664	-45.616
12	2.7376	-1.9884	1.4378	3.3427	-2.0884	3.8547	0.0586	0.2187	0.34	0.0261	0.0758	-0.1607	0.0314	-0.1404	-0.1344	-0.0191	0.038	0.0937	0.0751	-0.004	0.0294	40.2068	48.1978	-37.5433
13	4.3737	6.6853	0.1159	14.8526	-2.2925	1.3194	-0.2126	-0.0544	0.189	0.6448	-0.0935	-0.0644	-0.0788	0.2225	0.3062	0.0892	0.0078	0.0772	0.1694	-0.0154	0.0943	41.5992	59.2789	-33.7455
14	1.9343	0.8693	-1.4042	3.0592	-1.7373	2.5959	0.1693	0.0734	0.2024	0.0397	0.0241	0.0565	-0.2562	-0.0755	-0.1934	0.0438	0.0075	0.0421	0.0217	-0.0066	0.0088	26.8299	48.244	-26.6862
15	0.8772	-1.1562	-0.1995	1.5389	0.147	0.9392	-0.0121	-0.1531	0.0816	-0.198	-0.1821	-0.101	-0.0788	0.2046	0.1942	0.0445	-0.0022	-0.0025	0.1247	0.0415	0.0747	29.2078	17.0201	-6.6544
16	1.1102	-0.7264	-0.0599	1.7238	0.3844	0.3184	-0.0231	-0.0467	0.1812	0.1205	-0.0838	0.0215	-0.0968	-0.0104	0.1068	0.0343	-0.0123	0.0143	0.0686	-0.0075	0.1122	15.1712	41.8819	-10.3665
17	6.9609	-1.4074	1.171	5.978	1.3391	4.4511	0.1259	-0.1846	0.2147	0.2458	-0.2579	-0.1028	-0.2036	-0.29	0.132	-0.0266	0.0092	0.0762	0.0469	-0.0287	0.0914	12.289	49.939	-8.9512
18	2.8508	-0.4245	-1.1768	3.8106	2.349	1.7468	0.1934	-0.2192	0.2653	-0.0355	0.264	-0.122	-0.3881	-0.1832	-0.4574	0.081	-0.0103	0.0278	0.0726	-0.028	0.1301	23.8819	46.2246	-7.5704
19	2.509	-0.7807	-0.9022	1.3818	0.3535	2.1141	0.1035	-0.2567	0.1704	-0.0159	0.0723	-0.0329	0.031	0.1929	-0.1758	0.0082	-0.0313	0.0095	0.0867	-0.0517	0.0293	34.5978	40.2439	-8.1376
20	1.5937	-0.9095	0.9483	1.3322	-1.1524	1.1237	0.1259	0.1724	0.1628	-0.2581	-0.0779	-0.0183	0.1543	-0.0277	-0.048	0.0545	0.0434	0.0277	0.1133	0.0348	0.053	23.7999	46.69	-35.3319
21	3.5698	3.5308	0.3137	3.6001	-0.3862	4.5233	0.3346	0.4775	-0.4854	0.1628	0.148	0.0704	0.2431	-0.8245	-0.4826	0.0864	0.0166	0.0184	0.1455	-0.0648	0.0618	-41.4013	22.161	-55.3463
22	5.6682	-0.6531	-5.0175	1.3849	-0.7779	5.8455	0.0242	0.5409	-0.4261	0.0596	0.1182	0.0438	0.1112	-0.5069	-0.1424	0.1707	-0.0052	0.0485	0.1912	0.0035	0.1105	-46.1854	17.3065	-53.4585
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34	0.7199	-0.2745	-0.3006	0.671	0.2211	1.19	0.0252	-0.1001	0.033	-0.0969	-0.0501	-0.0587	-0.0781	-0.1329	0.0249	0.0487	0.0161	-0.0039	0.1014	0.0113	0.0116	-17.5601	3.9068	-61.3616
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40	7.4155	-3.4702	-9.195	1.624	4.303	11.4015	-0.3717	2.487	-1.197	1.7306	-1.4382	-2.4438	0.8956	0.1338	1.8099	0.238	0.0501	-0.0273	0.1628	0.0004	0.1637	7.3209	-29.1313	-52.946

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	6 - 21	8 - 23
2	2	A	A	22 - 43	24 - 45
3	3	A	A	44 - 122	46 - 124
4	4	A	A	123 - 145	125 - 147
5	5	A	A	146 - 164	148 - 166
6	6	A	A	165 - 180	167 - 182
7	7	A	A	181 - 200	183 - 202
8	8	A	A	201 - 231	203 - 233
9	9	A	A	232 - 283	234 - 285
10	10	A	A	284 - 322	286 - 324
11	11	B	B	6 - 25	8 - 27
12	12	B	B	26 - 56	28 - 58
13	13	B	B	57 - 66	59 - 68
14	14	B	B	67 - 119	69 - 121
15	15	B	B	120 - 143	122 - 145
16	16	B	B	144 - 180	146 - 182
17	17	B	B	181 - 197	183 - 199
18	18	B	B	198 - 215	200 - 217
19	19	B	B	216 - 284	218 - 286
20	20	B	B	285 - 322	287 - 324
21	21	C	C	5 - 11	7 - 13
22	22	C	C	12 - 26	14 - 28
23	23	C	C	27 - 43	29 - 45
24	24	C	C	44 - 70	46 - 72
25	25	C	C	71 - 153	73 - 155
26	26	C	C	154 - 166	156 - 168
27	27	C	C	167 - 200	169 - 202
28	28	C	C	201 - 240	203 - 242
29	29	C	C	241 - 315	243 - 317
30	30	C	C	316 - 321	318 - 323
31	31	D	D	6 - 18	8 - 20
32	32	D	D	19 - 69	21 - 71
33	33	D	D	70 - 100	72 - 102
34	34	D	D	101 - 141	103 - 143
35	35	D	D	142 - 167	144 - 169
36	36	D	D	168 - 209	170 - 211
37	37	D	D	210 - 224	212 - 226
38	38	D	D	225 - 285	227 - 287
39	39	D	D	286 - 312	288 - 314
40	40	D	D	313 - 322	315 - 324

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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