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- PDB-4z0p: Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate r... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z0p | ||||||
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Title | Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase SMc02828 (SmGhrA) from Sinorhizobium meliloti in complex with NADPH and oxalate | ||||||
![]() | NAD-dependent dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / New York Structural Genomics Research Consortium / NADPH / oxalate / PSI-Biology / NYSGRC / structural genomics | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sroka, P. / Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Porebski, P.J. / Hillerich, B.S. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural, Biochemical, and Evolutionary Characterizations of Glyoxylate/Hydroxypyruvate Reductases Show Their Division into Two Distinct Subfamilies. Authors: Kutner, J. / Shabalin, I.G. / Matelska, D. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O. / Sroka, P. / Gorna, M.W. / Ginalski, K. / Wozniak, K. / Minor, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 748.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4weqSC ![]() 5j23C ![]() 5unnC ![]() 5uogC ![]() 5v6qC ![]() 5v72C ![]() 5v7gC ![]() 5v7nC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 34792.781 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 1021 / Gene: R00152, SMc02828 / Plasmid: pSGC-His / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 436 molecules ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/OXD.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OXD.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CL / | ||||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EPE / | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-NDP / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.93 Å3/Da / Density % sol: 68.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 Details: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP, 5 mM NADPH, and 50 mM oxalic acid pH=7.0 were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite ...Details: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP, 5 mM NADPH, and 50 mM oxalic acid pH=7.0 were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 2 condition #28 (0.2M Ammonium Citrate Tribasic, anhydrous, 20%w/v PEG 3350 pH=7) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop. Before crystallization, the protein-ligand mixture was incubated with 1/15 v/v of 1 mg/ml rTEV solution at 289 K for 3 hours |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 6, 2014 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 60027 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.074 / Χ2: 1.134 / Net I/av σ(I): 35.4 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 255923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4WEQ Resolution: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / WRfactor Rfree: 0.1486 / WRfactor Rwork: 0.1335 / FOM work R set: 0.9025 / SU B: 2.342 / SU ML: 0.04 / SU R Cruickshank DPI: 0.0596 / SU Rfree: 0.0591 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.059 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 134.98 Å2 / Biso mean: 31.028 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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