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- PDB-5v7n: Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate r... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v7n | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase SMc04462 (SmGhrB) from Sinorhizobium meliloti in complex with NADP and 2-Keto-D-gluconic acid | ||||||||||||
![]() | NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase / NADP / NYSGRC / Sinorhizobium meliloti / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium | ||||||||||||
Function / homology | ![]() hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Miks, C.D. / Kutner, J. / Matelska, D. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural, Biochemical, and Evolutionary Characterizations of Glyoxylate/Hydroxypyruvate Reductases Show Their Division into Two Distinct Subfamilies. Authors: Kutner, J. / Shabalin, I.G. / Matelska, D. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O. / Sroka, P. / Gorna, M.W. / Ginalski, K. / Wozniak, K. / Minor, W. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 522.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 426.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 60.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 91 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4weqC ![]() 4z0pC ![]() 5j23SC ![]() 5unnC ![]() 5uogC ![]() 5v6qC ![]() 5v72C ![]() 5v7gC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-
Components
-Protein / Sugars , 2 types, 8 molecules ABCD![](data/chem/img/8YV.gif)
![](data/chem/img/8YV.gif)
#1: Protein | Mass: 34358.496 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 1021 / Gene: SMc04462 / Plasmid: pSGC-His / Production host: ![]() ![]() #3: Sugar | ChemComp-8YV / |
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-Non-polymers , 8 types, 1373 molecules ![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-NAP / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | #8: Chemical | ChemComp-MG / #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 58.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.9 Details: 0.2 uL 13 mg/mL protein in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 0.1% sodium azide, 0.5 mM TCEP, 5 mM NADP, 100 mM 2-keto-D-gluconic acid hemicalcium salt + 0.2 uL TOP96 ...Details: 0.2 uL 13 mg/mL protein in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 0.1% sodium azide, 0.5 mM TCEP, 5 mM NADP, 100 mM 2-keto-D-gluconic acid hemicalcium salt + 0.2 uL TOP96 condition #24 (0.2 M magnesium formate, pH 5.9, 20% w/v PEG3350), equilibrated against 1.5 M sodium chloride in a 96-well, 3-drop crystallization plate (Swissci), incubated with 1/20 v/v 1 mg/mL rTEV at 289 K for 3 hours prior to crystallization |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 11, 2016 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. obs: 156897 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.129 / Rsym value: 0.113 / Χ2: 2.082 / Net I/av σ(I): 19.8 / Net I/σ(I): 8.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 5J23 Resolution: 1.75→45.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.123 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.0178 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.017 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.6 Å2 / Biso mean: 32.918 Å2 / Biso min: 13.7 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→45.11 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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