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Yorodumi- PDB-5v72: Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate r... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v72 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase SMc04462 (SmGhrB) from Sinorhizobium meliloti in complex with citrate | ||||||||||||
Components | NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase | ||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase / NADP / NYSGRC / Sinorhizobium meliloti / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Rhizobium meliloti (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||||||||
Authors | Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Cooper, D.R. / Matelska, D. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2018 Title: Structural, Biochemical, and Evolutionary Characterizations of Glyoxylate/Hydroxypyruvate Reductases Show Their Division into Two Distinct Subfamilies. Authors: Kutner, J. / Shabalin, I.G. / Matelska, D. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O. / Sroka, P. / Gorna, M.W. / Ginalski, K. / Wozniak, K. / Minor, W. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5v72.cif.gz | 495.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5v72.ent.gz | 409 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5v72.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5v72_validation.pdf.gz | 461.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5v72_full_validation.pdf.gz | 465.2 KB | Display | |
Data in XML | 5v72_validation.xml.gz | 55.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5v72_validation.cif.gz | 83.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/5v72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/5v72 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4weqC 4z0pC 5j23C 5unnC 5uogSC 5v6qC 5v7gC 5v7nC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 34271.418 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: His-tag-labelled protein was subjected to limited proteolysis by chymotrypsin immediately prior to crystallization. Source: (gene. exp.) Rhizobium meliloti (strain 1021) (bacteria) Strain: 1021 / Gene: SMc04462 / Plasmid: pSGC-His / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21 (DE3)-RIPL / References: UniProt: Q92LZ4, hydroxypyruvate reductase |
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-Non-polymers , 5 types, 1162 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Chemical | ChemComp-CIT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 0.2 uL of 13 mg/mL protein in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 0.1% sodium azide, 0.5 mM TCEP + 0.2 uL MCSG Suite II condition #9 (0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% ...Details: 0.2 uL of 13 mg/mL protein in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 0.1% sodium azide, 0.5 mM TCEP + 0.2 uL MCSG Suite II condition #9 (0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% w/v PEG6000), equilibrated against 1.5 M sodium chloride in a 96-well 3-drop crystallization plate (Swissci), incubated with 1/50 v/v 2 mg/mL chymotrypsin solution at 289 K for 3 hours prior to crystallization |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 25, 2014 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 68211 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.115 / Rsym value: 0.096 / Χ2: 1.096 / Net I/av σ(I): 12.5 / Net I/σ(I): 6.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 5UOG Resolution: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 10.266 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.241 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.177 Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 123.14 Å2 / Biso mean: 35.344 Å2 / Biso min: 14.82 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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