PDB-4prk: Crystal structure of D-lactate dehydrogenase (D-LDH) from Lactoba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4prk

タイトル

Crystal structure of D-lactate dehydrogenase (D-LDH) from Lactobacillus jensenii

要素

4-phosphoerythronate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / NAD

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus jensenii (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Kim, S. / Kim, K.J.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and thermodynamic properties of d-lactate dehydrogenase from Lactobacillus jensenii.
著者: Kim, S. / Gu, S.A. / Kim, Y.H. / Kim, K.J.

履歴

登録	2014年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4prk.cif.gz	134.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4prk.ent.gz	107.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4prk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/4prk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/4prk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	2yq4-d 4prl-1 2yq5-d 4zgs-1 5m6u-d 4wwi-d 6eit-d 6pyr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-phosphoerythronate dehydrogenase

B: 4-phosphoerythronate dehydrogenase

74.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-phosphoerythronate dehydrogenase

B: 4-phosphoerythronate dehydrogenase

A: 4-phosphoerythronate dehydrogenase

B: 4-phosphoerythronate dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
148 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.532, 90.532, 157.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	4-phosphoerythronate dehydrogenase 分子量: 37100.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus jensenii (乳酸菌) / 遺伝子: pdxB, LBJG_01197 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: C5G4U0, 4-phosphoerythronate dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.1 % / Mosaicity: 0.68 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: PEG 400, Tris-HCl, MgSO4, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	PAL/PLS	7A (6B, 6C1)	1	0.97985
シンクロトロン	SPring-8	BL26B2	2	0.97919

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 270r	1	CCD	2011年11月7日	Rh coated Torroidal Mirror
RAYONIX MX-225	2	CCD	2011年12月13日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double Crystal Monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Fixed exit Si double crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97985	1
2	0.97919	1

Reflection

冗長度: 8.5 % / 数: 356502 / R_merge(I) obs: 0.057 / Χ²: 1.15 / D res high: 2.13 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 41739 / % possible obs: 97.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.78	50	99.1	1	0.031	1.838	11.7
4.59	5.78	99.7	1	0.037	1.509	12.6
4.01	4.59	99.5	1	0.042	1.665	12.6
3.64	4.01	99.3	1	0.052	1.691	12.1
3.38	3.64	99.4	1	0.06	1.477	11.6
3.18	3.38	99.4	1	0.072	1.308	10.8
3.02	3.18	99.1	1	0.085	1.16	10.1
2.89	3.02	99.1	1	0.104	1.011	9.3
2.78	2.89	98.2	1	0.119	0.939	8.9
2.68	2.78	98.7	1	0.139	0.865	8.4
2.6	2.68	98.3	1	0.155	0.801	7.9
2.53	2.6	98.5	1	0.177	0.726	7.4
2.46	2.53	98.4	1	0.199	0.723	7
2.4	2.46	98.5	1	0.224	0.633	6.4
2.34	2.4	97.4	1	0.239	0.6	6.1
2.29	2.34	97.3	1	0.242	0.577	5.9
2.25	2.29	97.7	1	0.266	0.558	5.5
2.21	2.25	97.3	1	0.28	0.535	5.3
2.17	2.21	97.7	1	0.279	0.489	5.1
2.13	2.17	83.5	1	0.294	0.447	4.2

反射

解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 41739 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.09 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Χ²: 1.146 / Net I/σ(I): 15

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.13-2.17	4.2	0.294	1758	0.447	83.5
2.17-2.21	5.1	0.279	2062	0.489	97.7
2.21-2.25	5.3	0.28	2044	0.535	97.3
2.25-2.29	5.5	0.266	2040	0.558	97.7
2.29-2.34	5.9	0.242	2036	0.577	97.3
2.34-2.4	6.1	0.239	2073	0.6	97.4
2.4-2.46	6.4	0.224	2065	0.633	98.5
2.46-2.53	7	0.199	2087	0.723	98.4
2.53-2.6	7.4	0.177	2061	0.726	98.5
2.6-2.68	7.9	0.155	2078	0.801	98.3
2.68-2.78	8.4	0.139	2082	0.865	98.7
2.78-2.89	8.9	0.119	2093	0.939	98.2
2.89-3.02	9.3	0.104	2121	1.011	99.1
3.02-3.18	10.1	0.085	2087	1.16	99.1
3.18-3.38	10.8	0.072	2129	1.308	99.4
3.38-3.64	11.6	0.06	2137	1.477	99.4
3.64-4.01	12.1	0.052	2123	1.691	99.3
4.01-4.59	12.6	0.042	2160	1.665	99.5
4.59-5.78	12.6	0.037	2189	1.509	99.7
5.78-50	11.7	0.031	2314	1.838	99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.13→38.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 6.314 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2741	2110	5.1 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
all	0.25	41723	-	-
obs	0.2306	39613	98.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.65 Å² / B_iso mean: 45.104 Å² / B_iso min: 18.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	-0.07 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→38.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5070	0	0	98	5168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	5154
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5060
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	1.974	6978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.829	3	11678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.552	5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.438	25.472	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.125	15	926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.335	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	824
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.155	4.29	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.15	4.289	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.47	6.42	3284

LS精密化シェル

解像度: 2.133→2.188 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	148	-
R_work	0.307	2765	-
all	-	2913	-
obs	-	-	94.61 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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