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万見
- PDB-2yq4: Crystal Structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yq4
タイトルCrystal Structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase from Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus
要素D-ISOMER SPECIFIC 2-HYDROXYACID DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / NAD binding
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種LACTOBACILLUS DELBRUECKII SUBSP. BULGARICUS (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Holton, S.J. / Anandhakrishnan, M. / Geerlof, A. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Characterization of D-Isomer Specific 2-Hydroxyacid Dehydrogenase from Lactobacillus Delbrueckii Ssp. Bulgaricus
著者: Holton, S.J. / Anandhakrishnan, M. / Geerlof, A. / Wilmanns, M.
履歴
登録2012年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-ISOMER SPECIFIC 2-HYDROXYACID DEHYDROGENASE
B: D-ISOMER SPECIFIC 2-HYDROXYACID DEHYDROGENASE
C: D-ISOMER SPECIFIC 2-HYDROXYACID DEHYDROGENASE
D: D-ISOMER SPECIFIC 2-HYDROXYACID DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,1174
ポリマ－152,1174
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13950 Å2
ΔGint-80.4 kcal/mol
Surface area51190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.211, 108.367, 147.178
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
D-ISOMER SPECIFIC 2-HYDROXYACID DEHYDROGENASE / 2-HYDROXYACID DEHYDROGENASE


分子量: 38029.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LACTOBACILLUS DELBRUECKII SUBSP. BULGARICUS (乳酸菌)
プラスミド: PETM-13 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q1GAA2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25% PEG 3350, 200MM MGCL2, 100MM HEPES PH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→46.72 Å / Num. obs: 19722 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 56.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.45→43.997 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 924 5 %
Rwork0.1793 --
obs0.1828 18458 92.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 7.01 Å2 / ksol: 0.295 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.9775 Å20 Å20 Å2
2--17.8825 Å20 Å2
3----7.905 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→43.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10154 0 0 34 10188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0210698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.83614077
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2663775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1161648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011784
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.63190.26761110.24192283X-RAY DIFFRACTION85
3.6319-3.85930.30261220.21582431X-RAY DIFFRACTION90
3.8593-4.1570.23721520.18592438X-RAY DIFFRACTION93
4.157-4.5750.23591360.16442559X-RAY DIFFRACTION95
4.575-5.23610.2671310.16412578X-RAY DIFFRACTION95
5.2361-6.59330.28941440.18892584X-RAY DIFFRACTION95
6.5933-44.00080.18921280.14552661X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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