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Yorodumi- PDB-4zgs: Identification of the pyruvate reductase of Chlamydomonas reinhardtii -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zgs | ||||||
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Title | Identification of the pyruvate reductase of Chlamydomonas reinhardtii | ||||||
Components | Putative D-lactate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / pyruvate dehydrogenase / fermentation / green alga / biohydrogen | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chlamydomonas reinhardtii (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.461 Å | ||||||
Authors | Burgess, S.J. / Hussein, T. / Yeoman, J.A. / Iamshanova, O. / Boehm, M. / Bundy, J. / Bialek, W. / Murray, J.W. / Nixon, P.J. | ||||||
Citation | Journal: Plant Cell.Physiol. / Year: 2016 Title: Identification of the Elusive Pyruvate Reductase of Chlamydomonas reinhardtii Chloroplasts. Authors: Burgess, S.J. / Taha, H. / Yeoman, J.A. / Iamshanova, O. / Chan, K.X. / Boehm, M. / Behrends, V. / Bundy, J.G. / Bialek, W. / Murray, J.W. / Nixon, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zgs.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zgs.ent.gz | 927.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zgs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zgs | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2dldS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42081.312 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 45-421 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chlamydomonas reinhardtii (plant) / Gene: Cre07.g324550 / Organelle: chloroplast / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli KRX (bacteria) / References: UniProt: B0LUZ5 #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 1:1 10mg/ml protein with 0.2M sodium malonate pH 6.0 20% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.9795 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 1, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.46→66.84 Å / Num. all: 126464 / Num. obs: 126464 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/av σ(I): 8.4 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.46→2.52 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2DLD Resolution: 2.461→66.84 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.461→66.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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