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- PDB-6bii: Crystal Structure of Pyrococcus yayanosii Glyoxylate Hydroxypyruv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bii
タイトルCrystal Structure of Pyrococcus yayanosii Glyoxylate Hydroxypyruvate Reductase in complex with NADP and malonate (re-refinement of 5AOW)
要素Glyoxylate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydroxypyruvate / Reductase / GHRB
機能・相同性
機能・相同性情報


glyoxylate reductase / glyoxylate reductase (NADH) activity / NAD binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyoxylate reductase GyaR / : / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Glyoxylate reductase GyaR / : / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Glyoxylate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus yayanosii
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lassalle, L. / Shabalin, I.G. / Girard, E. / Minor, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health 米国
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: New insights into the mechanism of substrates trafficking in Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductases.
著者: Lassalle, L. / Engilberge, S. / Madern, D. / Vauclare, P. / Franzetti, B. / Girard, E.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural, Biochemical, and Evolutionary Characterizations of Glyoxylate/Hydroxypyruvate Reductases Show Their Division into Two Distinct Subfamilies.
著者: Kutner, J. / Shabalin, I.G. / Matelska, D. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O. / Sroka, P. / Gorna, M.W. / Ginalski, K. / Wozniak, K. / Minor, W.
履歴
登録2017年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年1月17日ID: 5AOW
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.citation_id / _citation_author.name
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxylate reductase
B: Glyoxylate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,28611
ポリマ－75,1352
非ポリマー2,1519
水12,791710
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11320 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area24850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.063, 141.063, 260.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-570-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 333 / Label seq-ID: 2 - 333

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Glyoxylate reductase


分子量: 37567.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus yayanosii (strain CH1 / JCM 16557) (古細菌)
株: CH1 / JCM 16557 / 遺伝子: gyaR, PYCH_09300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: F8AEA4, glyoxylate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.7 MALONATE (HAMPTON), PH 7.0. 1 ml of mother liquor was placed in the well of the crystallization plate and the drop was formed by mixing 1.5 ul of protein solution at 10 mg/ml and 1.5 ul of mother liquor
PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979637 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月17日 / 詳細: MIRROR M1
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRISTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979637 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.97 Å / Num. obs: 103194 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.17 / Net I/av σ(I): 11.7 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 14914 / CC1/2: 0.527 / Rpim(I) all: 0.683 / Rsym value: 1.88 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5AOW

5aow
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→44.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 5.646 / SU ML: 0.076 / SU R Cruickshank DPI: 0.0872 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.089
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1756 5157 5 %RANDOM
Rwork0.1484 ---
obs0.1498 97977 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 216.48 Å2 / Biso mean: 41.333 Å2 / Biso min: 18.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.12 Å20 Å2
2--0.25 Å2-0 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→44.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5237 0 140 710 6087
Biso mean--37.9 50.53 -
残基数----664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.9957477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.969312264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.225668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76723.054239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.30415944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1651549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021150
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 21184 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 369 -
Rwork0.309 7009 -
all-7378 -
obs--98.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5339-0.364-0.1844.3841.10873.35980.0016-0.25870.16070.20750.0964-0.2389-0.2220.4158-0.0980.2635-0.0166-0.04090.1485-0.03870.117283.12231.56624.349
29.89271.5697-5.61615.01112.754214.20250.07560.0880.6241-0.17420.128-0.1285-0.45040.166-0.20370.2839-0.0401-0.0470.08040.00960.151980.37442.70115.758
30.63870.0595-0.07130.65320.01380.827-0.05720.04760.03970.00490.03890.0643-0.1072-0.15920.01830.23450.0868-0.00670.0584-0.00480.063755.11321.02621.672
41.87610.51450.20451.4730.19071.6034-0.06060.16980.164-0.22150.02360.1367-0.1715-0.21840.0370.27450.1112-0.02930.11750.00820.068547.82327.43713.74
57.8505-0.6813-2.92632.0721-0.58812.59710.0253-0.13370.49240.09410.04520.0373-0.3954-0.1502-0.07050.24240.082-0.02590.0887-0.02830.080149.28533.67225.909
62.19350.0623-1.34190.58980.02752.0637-0.05920.00770.1671-0.04720.0827-0.0623-0.21550.065-0.02340.25140.0248-0.03960.0295-0.00670.050470.9727.6118.223
73.44331.84510.80545.88010.9773.2235-0.1663-0.0327-0.0132-0.0365-0.06761.1742-0.087-0.72470.23390.24610.01930.09230.39670.00510.638720.055.89638.272
83.5710.1152-0.21154.335-0.04464.7599-0.2291-0.4394-0.44410.58410.06460.68440.2701-0.43120.16460.39760.02550.21480.38770.08110.459425.671-2.48747.639
90.8749-0.3303-0.20711.45530.15120.9311-0.0316-0.0738-0.18160.09960.02180.10110.0475-0.11460.00980.2080.08080.02450.08840.01980.053850.4016.85231.386
101.2987-0.259-0.69312.20850.3472.1713-0.03040.006-0.2030.04560.02170.07570.2395-0.09630.00870.2490.06310.01580.06080.00520.115756.575-5.44332.063
1110.00871.14810.46443.1103-0.37041.84220.0281-0.6796-0.13160.4649-0.0296-0.06370.1097-0.04060.00140.26920.06940.02470.1144-0.00920.089856.5092.91844.055
122.05160.2928-0.00612.46350.20171.6229-0.13670.0669-0.38110.03120.08120.59110.2332-0.45410.05540.2590.02390.09470.19850.01110.306634.9450.635.785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2A56 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3A70 - 185
4X-RAY DIFFRACTION4A186 - 240
5X-RAY DIFFRACTION5A241 - 269
6X-RAY DIFFRACTION6A270 - 333
7X-RAY DIFFRACTION7B2 - 30
8X-RAY DIFFRACTION8B31 - 69
9X-RAY DIFFRACTION9B70 - 180
10X-RAY DIFFRACTION10B181 - 240
11X-RAY DIFFRACTION11B241 - 269
12X-RAY DIFFRACTION12B270 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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