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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i9g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the LT1009 (SONEPCIZUMAB) antibody Fab fragment in complex with sphingosine-1-phosphate | ||||||
要素 | (Sonepcizumab antibody Fab fragment, ...) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / Sphingosine-1-phosphate / Calcium / Immunoglobin / IgG | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-S1P 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Huxford, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: The crystal structure of sphingosine-1-phosphate in complex with a Fab fragment reveals metal bridging of an antibody and its antigen. 著者: Wojciak, J.M. / Zhu, N. / Schuerenberg, K.T. / Moreno, K. / Shestowsky, W.S. / Hiraiwa, M. / Sabbadini, R. / Huxford, T. #1: ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 2009 タイトル: Production and characterization of monoclonal anti-sphingosine-1-phosphate antibodies 著者: O'Brien, N. / Jones, S.T. / Williams, D.G. / Cunningham, H.B. / Moreno, K. / Visentin, B. / Gentile, A. / Vekich, J. / Shestowsky, W. / Hiraiwa, M. / Matteo, R. / Cavalli, A. / Grotjahn, D. / ...著者: O'Brien, N. / Jones, S.T. / Williams, D.G. / Cunningham, H.B. / Moreno, K. / Visentin, B. / Gentile, A. / Vekich, J. / Shestowsky, W. / Hiraiwa, M. / Matteo, R. / Cavalli, A. / Grotjahn, D. / Grant, M. / Hansen, G. / Campbell, M.A. / Sabbadini, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3i9g.cif.gz | 101.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3i9g.ent.gz | 81.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3i9g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/3i9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/3i9g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | 分子量: 24027.127 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab Fragment / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Humanized mouse IgG1K expressed from a stable transfected CHO cell line 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: IgG1K / 細胞株 (発現宿主): CHO cells 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23442.965 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab Fragment / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Humanized mouse IgG1K expressed from a stable transfected CHO cell line 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): CHO cells 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
-非ポリマー , 4種, 291分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-S1P / ( | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.04 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1 microliter of 12 mg/mL S1P:Fab complex was mixed with 1 microliter and sealed over 1 mL of reservoir solution containing 22% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100 mM MgSO4, 100 mM sodium ...詳細: 1 microliter of 12 mg/mL S1P:Fab complex was mixed with 1 microliter and sealed over 1 mL of reservoir solution containing 22% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100 mM MgSO4, 100 mM sodium citrate (pH 6.0) and 10% (v/v) ethylene glycol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月21日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97741 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 52056 / Num. obs: 50494 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3.8 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 26.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique all: 3940 / Rsym value: 0.409 / % possible all: 76.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU B: 2.81 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.32 Å2 / Biso mean: 28.232 Å2 / Biso min: 14.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.901→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
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